Artykuł ten stanowi kontynuację rozważań przedstawionych w artykule „Epistemiczne układy odniesienia a problem interteoretycznej niewspółmierności — część 1”. Wyjaśniam w nim, dlaczego zwolennicy odmiennych epistemicznych układów odniesienia uprawiają naukę „w różnych światach”. Światy te „pojawiają się” w efekcie zmian fundamentalnych przekonań metafizycznych na temat tego, co istnieje. Pokazuję też, że decyzje metodologiczne, na których bazują epistemiczne układy odniesienia, nie są filozoficznie neutralne. Decyzje te swoje raisons d’être czerpią z metafizycznych tez (twardych jąder), które informują o tym, co istnieje. Bez wymiany tych metafizycznych tez nie dokonuje się wymiana decyzji metodologicznych. Zwolennicy różnych epistemicznych układów odniesienia odmiennie postrzegają świat. Przyjmowanie określonej perspektywy teoretycznej nie tylko uniemożliwia niezależną od teorii weryfikację świadectw. Wyznacza też sposób porządkowania faktów. W artykule wskazuję również, że niektóre terminy, jakie wspólnie funkcjonują w ramach różnych epistemicznych układów odniesienia, mają różne znaczenia.