Introducción. El café es un rubro de gran importancia a nivel mundial, al tener un impacto directo en la economía de los países, en Nicaragua representa el 25 % de las exportaciones. El agroecosistema de café está conformado por componentes que se encuentran por encima y debajo de la superficie del suelo. Objetivo. Estimar las poblaciones de macrofauna edáfica en agroecosistemas productivos de café y su relación con la fertilidad del suelo y las prácticas de manejo. Materiales y métodos. La investigación se realizó de mayo a agosto de 2023, en catorce sistemas productivos de café, en la reserva natural Tepec-xomolth La Patasta, se realizaron monolitos de 25 x 25 x 20 cm extraídos del suelo, en cada sistema se trazaron tres transectos, separados a 50 m, los especímenes colectados se identificaron hasta nivel de familia. Los datos fueron analizados mediante estadística descriptiva, modelos lineales generalizados, pruebas de hipótesis e índices de diversidad. Resultados. Se encontraron diferencias estadísticas significativas (p<0,5) para las comunidades rurales y las prácticas, la fertilidad del suelo varió de acuerdo con la altitud de las fincas, la macrofauna fue abundante en la comunidad Nueva Esperanza (20 672 individuos), y manejo de sombra (23 632 individuos), se encontraron quince ordenes, 38 familias, siendo la clase insecta, el grupo trófico de depredadores los que predominaron, la diversidad es alta y estable, producto del manejo que realiza el productor. Conclusiones. La riqueza taxonómica y abundancia de la macrofauna fueron similares en los sistemas evaluados en específicos los órdenes Haplotaxida, Coleoptera, Hymenoptera e Isopoda, en donde sobresalen los depredadores e ingenieros de suelo, se evidencio que el manejo del cultivo tiene un efecto directo en la diversidad edáfica, indicando que los suelos son pocos perturbados existiendo un equilibrio ecológico.