O método Penman-Monteith é utilizado mundialmente para a estimativa da evapotranspiração de referência, sem que se tenha necessidade de calibrações locais, devido ao seu embasamento físico. No entanto, o método exige a utilização de uma estação meteorológica completa, devido à quantidade de variáveis necessárias, tornando, assim, a estimativa onerosa e inviabilizando seu uso em pequenos e médios empreendimentos. Objetivou-se com este estudo comparar a estimativa da evapotranspiração de referência pelo método Penman-Monteith com dados faltantes e Hargreaves-Samani com o método Penman-Monteith completo, em escalas anual e sazonal, para os municípios de Luís Eduardo Magalhães-BA e Piracicaba-SP. A comparação se baseou nos parâmetros da regressão linear, coeficiente de determinação, índice de concordância de Willmott, coeficiente de correlação, coeficiente de confiança e raiz quadrada do erro médio. A melhor alternativa ao método padrão, em Luís Eduardo Magalhães, foi o método com dados faltantes de radiação solar e umidade relativa, apresentando valores de R² acima de 0,75 em todas as escalas de observação, enquanto para Piracicaba, todos os métodos utilizados apresentaram um desempenho classificado como bom, muito bom ou excelente. Para os dois municípios, nota-se que a escala anual é suficiente para estimar a evapotranspiração de referência, descartando a necessidade de análise sazonal.