Separar la administración y la propiedad es una problemática que toda empresa enfrenta, en especial durante sus etapas iniciales de crecimiento. Las alternativas de administración independiente o propietaria representan riesgos y beneficios, sobre todo cuando los intereses del agente y la organización se contraponen, situación conocida como “conflicto de agencia”. El estudio tiene como objetivo determinar la influencia del conflicto de agencia en el desempeño financiero. Para esto, se estudia a las empresas ecuatorianas del sector textil, durante el período 2014-2018. Mediante análisis descriptivo y comparativo se establecen las principales características de la gestión financiera de las em-presas con administración independiente y administración propietaria. Se estima un modelo de regresión que analiza el efecto del conflicto de agencia en el desempeño empresarial. Los hallazgos indican que el conflicto de agencia tiene un impacto negativo sobre el desempeño organizacional; sin embargo, esta relación varía según el tamaño de las firmas. De esta manera, a mayor tamaño, el conflicto de agencia tiene un efecto positivo sobre el desempeño empresarial; además, la liquidez, el endeudamiento, la presencia del conflicto de agencia y su interacción con el tamaño empresarial son predictores del desempeño financiero.