En las costas Pacífica y Caribe Colombiana desembocan ríos típicos de grandes masas continentales, y a su vez, pequeños arroyos de serranías costeras. En los grandes ríos la diversidad de especies es alta comparada con los arroyos costeros. En contraste, las cuencas de serranías presentan mayor abundancia de especies anfídromas que primarias. En esta investigación se analizó la composición de la fauna íctica del sector bajo del río Gaira de la vertiente Noroccidental de la Sierra Nevada de Santa Marta (SNSM). Los muestreos se realizaron en temporada de lluvias y de sequía con el objetivo de conocer la composición y determinar posibles correlaciones en la estructura, y entre los peces con el sustrato, para lo cual, se emplearon análisis de componentes principales (ACP), y análisis de correspondencia canónica (ACC), entre otros. Se recolectaron 967 individuos, distribuidos en 11 órdenes, 13 familias y 23 especies, de las cuales seis (26,8%) son consideradas netamente de agua dulce, 15 (65,21%) son especies estuarinas, y dos (8,69%) son marinas. El ACP diferenció dos biotopos, remansos y rápidos de corriente, y el ACC mostró que el pH es la variable ambiental de mayor importancia en la distribución de las especies. El cambio de estacionalidad originó variación en el flujo de caudal que afectó la abundancia e incidió en la estructura del hábitat. Esta alteración generó variaciones hidrológicas que se reflejaron en las comunidades de peces en la época seca por la interrupción del flujo de agua entre la parta alta, media y baja del río.