La comunidad de peces en la Laguna del Ostión es objeto de pesca, sin embargo, los estudios ecológicos sobre esta son escasos. Se analizó la variación espacial y temporal de su estructura comunitaria, así como de los parámetros fisicoquímicos de salinidad, temperatura, oxígeno disuelto, profundidad y transparencia de la laguna. Los peces fueron recolectados bimensualmente de marzo de 2007 a enero de 2008, en ocho estaciones de muestreo con una red de arrastre camaronera. Se evaluaron diferencias significativas espacio-temporales de diversidad, riqueza, equitatividad, densidad, biomasa y peso promedio, mediante análisis de varianza. Se realizó análisis de correspondencias canónicas (ACC) para determinar las asociaciones de peces y su correlación con los factores ambientales del sistema. Se recolectaron 737 individuos con peso total de 19 081.90 g. Se identificaron 19 familias, 23 géneros y 34 especies, 12 de las cuales fueron nuevos registros para la laguna. Cuatro especies fueron dominantes en el sistema. Los parámetros comunitarios mostraron relación con los gradientes ambientales y las temporadas climáticas. La diversidad fue más alta en mayo (H´ = 2.36) y enero (H´ = 2.48) y la densidad en julio (0.018 ind./m2). El ACC mostró que la composición y distribución espacio-temporal de la comunidad de peces estuvo condicionada por la salinidad, la temperatura, el oxígeno disuelto y la profundidad. El conocimiento de la estructura comunitaria, las funciones biológicas de los peces y su interacción con los factores ambientales de esta laguna es relevante, ya que no se han desarrollado estudios continuos en este sistema.