Os microrganismos endofíticos colonizam o interior dos tecidos das plantas sem causar danos ao seu hospedeiro. A interação endófito-planta pode originar vias de síntese de metabólitos de interesse biotecnológico, contudo, para sua utilização é necessário que esses compostos sejam identificados quimicamente. Dentre as técnicas instrumentais mais utilizadas estão a cromatografia líquida de alta eficiência (CLAE), cromatografia em camada delgada (CCD), cromatografia a gás capilar (CG), cromatografia a gás capilar acoplada a espectrometria de massas (CG/MS), cromatografia de fluído supercrítico (CFS) e eletroforese capilar (EC). Desta forma, realizamos uma revisão da literatura abordando estas técnicas de identificação de metabólitos secundários de interesse biotecnológico produzidos por microrganismos endofíticos. A pesquisa revelou que estas técnicas instrumentais permitiram a identificação de coclioquinonas, isocloquinonas, dicetopiperazinas, ácido tartárico, ácido cítrico, butirilneosolaniol e outros compostos, produzidos por microrganismos endofíticos. Estas técnicas instrumentais para identificação e quantificação de metabólitos são amplamente utilizadas e aperfeiçoadas. É possível destacar que para cada característica de amostra e sua finalidade, alguns dos métodos se tornam mais eficientes e precisos. Esses métodos para análise de metabólitos devem continuar evoluindo a fim de descobrir novas moléculas e também gerar uma maior robustez para a identificação e quantificação destes compostos de origem microbiana, contribuindo para o avanço dos produtos naturais.