Глаукома является одним из наиболее распространенных заболеваний глаз, приводящих к слепоте, и в ее формировании, как показали результаты полногеномных исследований, важное значение имеют генетические факторы. Цель исследования. Провести анализ in silico функционального значения полиморфных локусов гена LOXL1, ассоциированных с глаукомой, используя данные полногеномных исследований. Материал и методы. С использованием каталога полногеномных исследований (GWAS) National Human Genome Research Institute (http://www.genome.gov/gwastudies/) были отобраны для исследования три полиморфных локуса гена LOXL1 (rs2165241, rs4886776, rs893818), ассоциированных с глаукомой (псевдоэксфолиативная глаукома/синдром). На основании современных баз данных по функциональной геномике (SIFT, PolyPhen-2, HaploReg, GTExportal) проведена оценка функционального значения этих полиморфных локусов (несинонимические замены, эпигенетические эффекты, связь с экспрессией генов, ассоциации с альтернативным сплайсингом транскриптов генов). Результаты. В исследовании установлено важное функциональное значение полиморфных локусов rs2165241, rs4886776 и rs893818 гена LOXL1. Они демонстрируют существенные эпигенетические эффекты (влияют на аффинность к пяти факторам транскрипции, расположены в регионе промоторов и энхансеров, в области гиперчувствительности к ДНКазе-1), ассоциированы с экспрессией и альтернативным сплайсингом трех генов (LOXL1, LOXL1-AS1, RP11-24D15.1) в патогенетически значимых для формирования глаукомы культурах клеток, органах и тканях, сильно сцеплены с полиморфизмом rs1048661, который обусловливает замену аминокислоты Arg141Leu в полипептиде LOXL1. Заключение. Полиморфные локусы гена LOXL1 (rs2165241, rs4886776 и rs893818) имеют важное функциональное значение (эпигенетическое, eQTL и sQTL), что может являться медико-биологической основой их ассоциаций с глаукомой.