Condição corporal em mamíferos pode ser interpretada como sua reserva energética, onde, melhor condição corporal está associada a maior sucesso reprodutivo e melhor eficiência em processos de termorregulação. A popularização dos veículos aéreos não tripulados (VANT’s ou drones), tornou possível monitorar condição corporal em cetáceos de vida livre, a partir de técnicas de fotogrametria aérea. Neste trabalho, um protocolo de fotogrametria aérea utilizando um drone, foi aplicado para estimar medidas morfométricas e de condição corporal em toninha (Pontoporia blainvillei, n = 122) e boto-cinza (Sotalia guianensis, n = 41), durante o inverno (julho / 2019) e verão (março / 2020), na Baía da Babitonga-SC. Um objeto de 115 cm, foi utilizado como escala para as medidas em pixel obtidas em diferentes altitudes (15-50 m). O modelo de calibração de escala considerando a altitude e variáveis ambientais (estado do mar e cobertura de nuvens) apresentou o melhor ajuste. Foram extraídas cinco medidas dos animais, comprimento do corpo, larguras na porção anterior a nadadeira peitoral, largura na região da axila, anterior a nadadeira dorsal e posterior a nadadeira dorsal (CC, AP, AX, AD, PD respectivamente). As larguras referentes às porções anteriores (AP, AX e AD) dos animais apresentaram maiores valores no inverno. O índice de condição corporal AD_CC, mostrou-se eficiente em monitorar variações sazonais na condição corporal das espécies estudadas, apresentando valores 1.1% superiores no inverno. As três categorias propostas para o índice AD_CC (“Abaixo”, “Média” e “Acima”), mostraram-se eficientes no monitoramento da condição corporal das espécies entre as classes de tamanho. A condição corporal “Média” foi a mais frequente para ambas as espécies estudadas e foi observada em todas as classes de tamanhos, enquanto a condição corporal “Abaixo” apresentou maior frequência no verão, ocorrendo apenas nas classes de tamanho superiores. O protocolo apresentado foi capaz de obter medidas morfométricas e de condição corporal precisas em ambas as espécies, destacando o potencial do uso de técnicas de fotogrametria aérea para monitorar padrões morfométricos e de condição corporal nas espécies de pequenos cetáceos estudados.