Evaluation of human papillomavirus-consensus primers for HPV detection by the polymerase chain reaction

Harnish, Delsworth G.; Belland, L.M.; Scheid, Elizabeth; Rohan, Tomáš

doi:10.1006/mcpr.1998.0203

Cited by 30 publications

(29 citation statements)

References 0 publications

Supporting

Mentioning

Contrasting

Unclassified

Order By: Relevance

“…The 93% to 100% agreement between the LA-HPV and PGMY-LB systems, whether considering all results or those for each of the 37 genotypes, is greater than the levels of agreement reported in the first evaluations of PGMY primers and in other studies comparing two consensus L1 PCR systems (4,12,13,19,27,29,32,35). Since both PGMY systems use the same primer sets, a greater level of agreement was expected.…”

Section: Discussionmentioning

confidence: 62%

Enhanced Detection and Typing of Human Papillomavirus (HPV) DNA in Anogenital Samples with PGMY Primers and the Linear Array HPV Genotyping Test

Coutlée

Rouleau²,

Petignat³

et al. 2006

J Clin Microbiol

164

144

View full text Add to dashboard Cite

The Roche PGMY primer-based research prototype line blot assay (PGMY-LB) is a convenient tool in epidemiological studies for the detection and typing of human papillomavirus (HPV) DNA. This assay has been optimized and is being commercialized as the Linear Array HPV genotyping test (LA-HPV). We assessed the agreement between LA-HPV and PGMY-LB for detection and typing of 37 HPV genotypes in 528 anogenital samples ( Infection by human papillomavirus (HPV) causes squamous intraepithelial lesions and invasive cancer of the uterine cervix and anus (3). HPV testing relies on the detection and analysis of viral DNA. Epidemiological studies and vaccine clinical trials require reliable and reproducible identification and genotyping of genital HPV infections. Since only a fraction of the 40 HPV genotypes infecting the anogenital tract are associated with malignant lesions, the detection method has to identify types individually. Specific genotyping also provides information on mixed HPV infections (26). Type-specific PCR assays are impractical for epidemiological studies because of the multiplicity of relevant genotypes infecting the anogenital tract. Consensus PCR assays that target conserved regions of the HPV genome have been devised to amplify all relevant genital types in one reaction, with analysis of amplicons by direct sequencing, restriction fragment length polymorphism analysis, or type-specific hybridization.The most common PCR methods use the consensus primer set MY09/MY11/HMB01 (20, 25), GP5ϩ/GP6ϩ (9, 21), PGMY09/ PGMY11 (13,34), or SPF10 (30,34). Convenient assays for detection and typing of HPV have been developed for all of these primer sets. HPV amplicons generated by PGMY or MY primers can easily be detected and typed by a nonisotopic

show abstract

Section: Discussionmentioning

confidence: 62%

Enhanced Detection and Typing of Human Papillomavirus (HPV) DNA in Anogenital Samples with PGMY Primers and the Linear Array HPV Genotyping Test

Coutlée

Rouleau²,

Petignat³

et al. 2006

J Clin Microbiol

164

144

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

“…The physical maps generated allowed identification of different viral types, according to Bernard et al (1994), and consequently their exclusion or inclusion in highrisk types. Human papilloma virus has been classified in more than 100 types according to its malignat potential assessed by molecular techniques (Harnish et al 1999 …”

Section: Discussionmentioning

confidence: 99%

“…More than 100 different types of human papillomavirus (HPV) have now been identified by molecular techniques of which almost 30% are mucosotropic (Harnish et al 1999). They can infect the anogenital tract and contain DNA of high-risk type which is strongly associated with cervical carcinoma (Villa 1997, Walboomers et al 1999, Wilczynski et al 1988.…”

Section: Introductionmentioning

confidence: 99%

High quality DNA from human papillomavirus (HPV) for PCR/RFLPs

Wanderlei-Silva

Nobre

Gonzaga

et al. 2005

Braz. arch. biol. technol.

View full text Add to dashboard Cite

The analysis of DNA in clinical samples for a secure diagnostic has become indispensable nowadays. Techniques approaching isolation of high molecular weigth DNA of HPV could lead to efficient amplification and early clinical diagnosis of the virus DNA by PCR (polymerase chain reaction). We describe a fast, non-toxical, efficient and cheap method for DNA isolation of human papilloma virus (HPV) from cervical smears using guanidine (DNAzol solution). A 450 bp DNA band correponding to the late region (L1) of the virus genome was detected by PCR,showing that the DNAzol extraction soluction generated a good viral DNA yield. The electrophoretic pattern after digestion with restriction endonucleases (RFLPs/PCR) revealed the predominance of

show abstract

“…İlk geliştirilen ve yaygın olarak kullanılan konsensus PCR testlerinden biri olan MY09/11 konsensus PCR sistemi, L1 gen bölgesinde yer alan yaklaşık 450 baz çifti (bp) uzunluğundaki korunmuş bir bölgeyi hedefl emektedir 32 . Bu yöntemin genital enfeksiyonlarda etken olarak saptanan 40'a yakın farklı HPV tipini saptayabileceği öngörülmek-tedir 8 .…”

Section: Konsensus Pcr Testleriunclassified

“…MY09/11 primer sistemi ilk dizayn edildiğinde, HPV tiplerinden sadece HPV-6, 11, 16, 18 ve 33 bilindiğinden, sistem öncelikle bu beş türü tespit edecek şekilde tasarlanmıştır. Bu nedenle yanlış eşleşme olasılığının yüksek olduğu diğer HPV tipleri için duyarlılığın düşük olacağı öngörülebilir 9,32 . Nitekim, yöntemin saptama duyarlılığının HPV tiplerine göre farklılık gösterdiği çeşitli çalışmalarda açıkça ortaya konmuştur 7,9 .…”

Section: Konsensus Pcr Testleriunclassified

Current Problems and Recent Advances in the Molecular Diagnosis of Genital Human Papillomavirus Infections

Şahiner¹

2014

Mikrobiyol Bul

View full text Add to dashboard Cite

ÖZETMoleküler tanı yöntemlerindeki gelişmelerin bir sonucu olarak, 1980'li yılların başlarında servikal kanser (SK) biyopsileri ve SK hücre kültürlerinin insan papillomavirus (HPV) DNA dizilerini içerdiği göste-rilmiştir. Sonraki yıllarda, HPV E6 ve E7 genlerinin SK dokularında eksprese edildiği ve bu onkoproteinlerin pRb ve p53 başta olmak üzere çeşitli hücresel proteinlerle etkileşim içinde olduğu keşfedilmiştir. Serviks kanseri ile HPV enfeksiyonları arasındaki ilişkinin gösterilmesi bu konuya olan ilginin artmasına neden olmuş ve yapılan geniş ölçekli epidemiyolojik çalışmalarda bazı HPV tiplerinin SK için majör risk faktörü olduğu belirlenmiştir. Yüksek riskli veya onkojenik tipler olarak adlandırılan bu tiplerin diğer anogenital kanserler ve baş-boyun kanserlerinin bir alt grubu ile de ilişkili olduğu belirlenmiştir. Bu süreçte her biri farklı yaklaşım ve uygulamaları içeren çok sayıda ticari ve kullanıcı tasarımlı (in-house) tanı yöntemi geliş-tirilmiş ve HPV-DNA tespitine dayalı testler SK tarama programlarının önemli bir parçası haline gelmiştir. HPV enfeksiyonlarının tanı ve takibinde (yönetiminde) kullanılan tarama-tiplendirme yöntemlerinin ve kombine yaklaşımların her birinin kendilerine özgü güçlü ve zayıf yönleri mevcuttur. Yöntem seçimini kritik ve karmaşık hale getiren, gerek metodoloji gerekse virusun doğasından kaynaklanan çeşitli zorluklar bulunmaktadır. Çok sayıda farklı HPV tipinin genital bölgede enfeksiyon etkeni olarak saptanabilmesi, viral genomun aynı HPV tipi içinde bile çok sayıda dizi varyasyonları gösterebilmesi, mevcut yöntemlerin saptama duyarlılığının HPV tiplerine ve incelenen örnekte bulunan viral DNA kopya sayılarına bağlı olarak değişebilmesi ve son olarak çoklu enfeksiyonları saptama ve tip tayini yapabilme yeteneğinin yöntemler arasında farklılıklar göstermesi bu zorluklardan bazılarıdır. Bu derleme yazıda, HPV enfeksiyonlarının tanı ve takibi için kullanılan yöntemlerin özetlenmesi ve yöntem seçiminde yol gösterebileceği düşünülen güncel bilgilerin paylaşılması hedefl enmiştir. Bu amaçla, geçmiş yıllarda kullanılan moleküler temelli HPV testleri ve bu testlerin gelişim sürecine kısaca değinilmiş, günümüzde kabul gören ve yaygın olarak kullanılan tanı, tarama ve tiplendirme yöntemlerinin avantaj ve dezavantajları ayrıntılı olarak tartışılmıştır.

show abstract

Evaluation of human papillomavirus-consensus primers for HPV detection by the polymerase chain reaction

Cited by 30 publications

References 0 publications

Enhanced Detection and Typing of Human Papillomavirus (HPV) DNA in Anogenital Samples with PGMY Primers and the Linear Array HPV Genotyping Test

Enhanced Detection and Typing of Human Papillomavirus (HPV) DNA in Anogenital Samples with PGMY Primers and the Linear Array HPV Genotyping Test

High quality DNA from human papillomavirus (HPV) for PCR/RFLPs

Current Problems and Recent Advances in the Molecular Diagnosis of Genital Human Papillomavirus Infections

Contact Info

Product

Resources

About