Pada prinsipnya, teknik isolasi senyawa bioaktif dari kapang yang berasal dari laut mirip dengan teknik isolasi senyawa bioaktif dari invetebrata laut dan juga biota-biota yang ada di lingkungan darat. Namun ada beberapa hal yang berbeda, diantaranya cara isolasi dan pengkulturan terutama pada komposisi media pertumbuhannya, serta cara-cara pemanenannya. Sedangkan cara ekstraksi, fraksinasi, dan purifikasinya sampai mendapatkan suatu senyawa bioaktif yang murni adalah relatif sama. Untuk proses pemisahan dan purifikasi dapat digunakan alat Kromatografi Cair Kinerja Medium (KCKM) dan Kromatografi Cair Kinerja Tinggi (KCKT), serta disertai pengujian kemurnian dengan Kromatografi Lapis Tipis (KLT). Jika dari hasil analisis dengan KCKM atau KCKT memberikan hasil satu puncak (peak) yang tunggal, maka terhadap sampel tersebut dapat dilakukan analisis dengan alat MS, dan hasilnya dibandingkan dengan database untuk menguji apakah senyawa murni yang diperoleh adalah senyawa baru atau bukan. Selanjutnya dengan semua data analisis yang diperoleh dari sampel murni tersebut, yaitu data fisika dan hasil spektrofotometer UV, hasil IR (KBr), MS, NMR 1 dimensi (proton, karbon, dan DEPT), dan NMR 2 dimensi (1H-1H COSY, 13C-1H COSY, HMBC, HMQC, dan NOESY), maka dilanjutkan dengan penentuan struktur molekul (dikenal dengan elusidasi struktur).