En este estudio se caracterizaron cepas potencialmente probióticas aisladas de la leche materna para su uso en enteropatías caninas. Se utilizaron dos cepas de leche materna canina y una cepa de leche materna porcina previamente caracterizadas según sus propiedades funcionales, propiedades presuntivas de seguridad y efecto inhibitorio sobre patógenos. Estas bacterias se formularon mediante liofilización y secado por atomización, comparando rendimiento y almacenamiento en tiempo normal y acelerado. Se analizaron el efecto citotóxico, adhesión al intestino y el efecto inmunomodulador de las formulaciones con mejor caracterización probiótica in vitro e in vivo. Se determinó que, en base al rendimiento de encapsulación y la viabilidad de las formulaciones, el recubrimiento óptimo para las cepas TUCO-17 y TUCO-4 fue FOS e inulina; y para la cepa TUCO-16 fue maltodextrina e inulina. Todas las cepas resultaron no citotóxicas en cultivos de células de perro MDCK y TUCO-17 mostró mayor adhesión a las células epiteliales intestinales. Resultó relevante que la administración de la formulación probiótica disminuyó la expresión de marcadores proinflamatorios in vivo, tanto en el intestino como en el bazo de ratones. Además, su administración en perros con alteraciones entéricas indujo una reducción de la duración de la diarrea, mejoró la consistencia de las heces y los parámetros clínicos. Finalmente, la combinación de estas tres cepas en estudio (TUCO-16, TUCO-17 y TUCO-4) cubriría las propiedades probióticas en formulación e inmunomodulación de todos los marcadores en estudio.