Introducción. Los cultivos genéticamente modificados (CGM) son de particular interés, debido al impacto en la economía global. Por lo tanto, como preocupación general, muchos países han establecido regulaciones con respecto a estos organismos. En Costa Rica, el cultivo de OGM se realiza desde 1991; sin embargo, existe un faltante de estudios que monitoreen la ejecución y el cumplimiento de las regulaciones de bioseguridad. Objetivo. El objetivo del presente estudio fue identificar la presencia o ausencia de transgenicidad en alimentos procesados para consumo humano y animal, así como en semillas provenientes de algodón. Materiales y métodos. Se utilizó la técnica de PCR tiempo real dirigida a la secuencia promotora 35S, derivada del virus del mosaico de la coliflor (CaMV, siglas en inglés), como marcador para detectar presencia de transgenes en alimentos procesados para consumo humano y animal y en semillas de algodón, silvestre o cultivado, recolectadas en áreas aledañas a una finca de algodón GM en mayo de 2017. Resultados. En las muestras analizadas hubo una alta incidencia de fragmentos de 82 pb, correspondientes a la secuencia promotora 35S, que estuvo ausente solo en cultivos de maíz orgánico y sus derivados (tortillas y harina de maíz). Los resultados sugieren la presencia de trazas de OGM en el mercado alimentario costarricense; adicionalmente, revela la urgencia de implementar un adecuado etiquetado para trazabilidad alimentaria. Se identificó, además, la presencia de algodón transgénico en las cercanías de una finca de algodón GM, lo que sugiere la pertinencia de vigilancia en aspectos de bioseguridad y manipulación genética de cultivos. Conclusiones. La presencia de trazas de OGM en alimentos procesados muestra la importancia de continuar este monitoreo para proveer elementos de discusión en cuanto a trazabilidad alimentaria y potencial flujo de transgenes en material vegetal silvestre.