Evidence-Based Oncology Project

Brooks, Ari D.; Sulimanoff, Isabel

doi:10.1016/s1055-3207(03)00072-3

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“…We chose concept-based text summarization as the task. A corpus of unique phrases and a subset of texts for summarization was constructed from a citation database of approximately 1,200 oncology clinical trial papers physicians feel are important to the field [16]. The final corpus consists of 1,628 unique phrases for the intrinsic evaluation and 24 texts each with three summaries generated by thirdyear medical students for use with the extrinsic evaluation.…”

Section: Evaluation Methodsmentioning

confidence: 99%

Online Biomedical Concept Annotation Using Language Model Mapping

Reeve

Han

Brooks

2008

2008 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine

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We report the results of applying language technology to the bioinformatics problem of online concept annotation of biomedical text. We extend our concept annotator, CONANN, to find biomedical concepts in using concept language models. The goal of CONANN is to improve annotation speed without losing annotation accuracy as compared to offline systems, facilitating the use of concept annotation in online environments. Intrinsic and extrinsic evaluations show accuracy competitive with a state-ofthe-art biomedical text concept annotator with a speed improvement of more than four times.

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Section: Evaluation Methodsmentioning

confidence: 99%

Online Biomedical Concept Annotation Using Language Model Mapping

Reeve

Han

Brooks

2008

2008 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine

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“…The database contains approximately 1,200 papers physicians feel are important to the field [2]. Of the 1,200 papers cited, 24 were randomly selected.…”

Section: Corpusmentioning

confidence: 99%

“…The research presented here is motivated by the task of generating extractive text summaries useful to practicing oncologists, who must continuously find clinical trial study information related to their specialty, evaluate the study for its strength, and then possibly incorporate the new study information into their patient treatment efforts [2], [3]. The U.S. National Institutes of Health Clinical Trials database contains information on over 13,500 clinical trials [4].…”

Section: Introductionmentioning

confidence: 99%

Concept frequency distribution in biomedical text summarization

Reeve

Han

Nagori

et al. 2006

Proceedings of the 15th ACM International Conference on Information and Knowledge Management - CIKM '06

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Text summarization is a data reduction process. The use of text summarization enables users to reduce the amount of text that must be read while still assimilating the core information. The data reduction offered by text summarization is particularly useful in the biomedical domain, where physicians must continuously find clinical trial study information to incorporate into their patient treatment efforts. Such efforts are often hampered by the highvolume of publications. Our contribution is two-fold: 1) to propose the frequency of domain concepts as a method to identify important sentences within a full-text; and 2) propose a novel frequency distribution model and algorithm for identifying important sentences based on term or concept frequency distribution. An evaluation of several existing summarization systems using biomedical texts is presented in order to determine a performance baseline. For domain concept comparison, a recent high-performing frequency-based algorithm using terms is adapted to use concepts and evaluated using both terms and concepts. It is shown that the use of concepts performs closely with the use of terms for sentence selection. Our proposed frequency distribution model and algorithm outperforms a state-of-the-art approach.

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“…En 1970, la información disponible sobre el tratamiento del cáncer era mínima y difícilmente comprensible; sin embargo, la transición ha permitido que al menos 400 nuevas moléculas para el manejo de diversas enfermedades oncológicas sean probadas cada año 9 , y que solo en los Estados Unidos se encuentren en funcionamiento más de 60 centros para la investigación básica, clínica y de transferencia, agrupando a más de 8.000 investigadores. Esto se ve reflejado en la inclusión semanal de al menos 1.000 artículos relacionados con oncología en las principales bases de datos y en que, en la actualidad, entre el 8% y 12% de toda la investigación mundial tenga relación con el cáncer [10][11] .…”

Section: Introductionunclassified

Entendimiento y entrenamiento en medicina basada en evidencia (MBE) : una encuesta estructurada a hematólogos y oncólogos de Colombia (ONCOLGroup).

Becerra

Cardona

Revéiz

et al. 2012

Rev.Col.Hematol.Oncol

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Introducción: Cerca del 10% de los ensayos clínicos publicados anualmente tienen relación con el cáncer, sin embargo, solo el 20% de las intervenciones relacionadas con el tratamiento de esta enfermedad están soportadas por un nivel de evidencia I. Objetivo: Valorar las actitudes y opiniones de los oncólogos/hematólogos hacia la medicina basada en evidencias (MBE) en Colombia. Diseño del estudio: Encuesta estructurada realizada a una serie de miembros de la Asociación Colombiana de Hematología y Oncología (ACHO), que incluyó preguntas respecto de las actitudes, opiniones y competencias en MBE. Resultados: Se recibieron 53 encuestas (tasa de respuesta del 46%, considerando la totalidad de los miembros adscritos a la ACHO). Hubo acuerdo en que el uso de la MBE mejora el cuidado de los pacientes (promedio 8, rango 4-10) y en que los especialistas deben familiarizarse con técnicas de evaluación crítica de la literatura médica (promedio 7, rango 4-9). El porcentaje que manifestó entender términos clave como número necesario para tratar (NNT), número necesario para generar daño (NNH), poder y nivel de evidencia fueron el 60%, 22%, 75% y 75%, respectivamente. Las guías de la NCCN (Clinical practice guidelines in oncology/hematology, National Comprehensive Cancer Network, EE. UU.) fueron usadas de manera regular por el 32% de los encuestados y, al menos, una vez por mes en el 38% de los casos. El 46% desconocía PubMed a fondo y el 40% lo usaba regularmente. El 76% no había realizado búsquedas en la base de datos Cochrane de revisiones sistemáticas y el 24% la había utilizado al menos una vez en su vida. La competencia de todos los encuestados para MBE se calculó en un 73% (desviación estándar de ±17%). Conclusión: Los oncólogos/hematólogos colombianos tienen una actitud favorable hacia la MBE. Es recomendable facilitar el entendimiento de la terminología y favorecer el uso de herramientas de la MBE a través de talleres, publicaciones y fuentes virtuales relacionadas con cáncer.

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Evidence-Based Oncology Project

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Online Biomedical Concept Annotation Using Language Model Mapping

Online Biomedical Concept Annotation Using Language Model Mapping

Concept frequency distribution in biomedical text summarization

Entendimiento y entrenamiento en medicina basada en evidencia (MBE) : una encuesta estructurada a hematólogos y oncólogos de Colombia (ONCOLGroup).

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