Objective: Nonsyndromic cleft lip with or without cleft palate (NSCLP) is a common birth defect with substantial clinical and social impact, and whose causes include both genetic and environmental factors. Folate and homocysteine metabolism have been indicated to play a role in the etiology of NSCLP. The aim of this study was to determine the prevalence of NOS3 27-bp VNTR and to evaluate whether this polymorphism contributed to the risk of NSCLP.
Material and methods:We studied the 27 base pair tandem repeat polymorphism in intron 4 of the endothelial nitric oxide synthase (NOS3) gene in 230 unrelated individuals belong to 7 Indian populations along with 141 NSCLP cases and 142 unrelated controls. The genotyping was performed by polymerase chain reaction and electrophoresis. The data were statistically analysed using the χ 2 -test. Results: The NOS3 27-bp VNTR 4a allele is present in six of the seven populations analysed and allele frequencies range from 6.8% in Sugali to 23.5% in Madiga populations. NOS3 showed protective association with predisposition towards NSCLP for the heterozygous (4b/a) genotypes (4b/b vs. 4b/a: OR =0.58, 95% CI =0.34 to 0.99, p=0.044).
Conclusions:The current study suggests significant differences in the frequency of the NOS3 VNTR allele across the populations. There is protective association between NOS3 27-bp VNTR polymorphism and NSCLP in the Indian population. Key Words: nitric oxide, NOS3, VNTR polymorphism, orofacial clefts, Indians Conflict of Interest: The authors declare that they have no competing interests..
ÖZETAmaç: Semptomatik olmayan damak yarıklı veya yarıksız yarık dudak (NSCLP) olguları sosyal ve klinik etkisi ağır olan ve çok sık rastlanan bir doğum bozukluğu olup, genetik ve çevresel etkenlere bağlıdır. NSCLP etiyolojisinde folat ve homosistin metabolizmalarının etkin olduğu endike edilmiştir. Bu çalışmanın amacı NOS3 27 bp VNTR sıklığının belirlenmesi ve bu polimorfizmin NSCLP için bir risk faktörü olma olasılığının araştırılmasıdır. Materyal ve metod: Hindistanda bulunan 7 toplumdan 141 NSCLP ve 142 ilişkisiz kontrol olmak üzere 230 ilişkilendirlmemiş bireyde nitrik oksit sentaz geninin intron 4 bölgesinde bulunan 27 bazlık ardışık tekrar polimorfizmi incelenmiştir. Genotiplendirme polimeraz zincir reaksiyonu ve elektroforez ile gerçekleştirilmiştir. Istatistiksel veri analizi χ 2 -testi ile yapılmıştır. Bulgular: NOS3 27-bp VNTR 4a alleli incelenen 7 toplumdan altısında bulunmakta ve allel sıklıkları Sugali toplumunda %6.8'den Madiga toplumunda %23.5'e kadar değişmektedir. NOS3 koruyucu assosiyasyon, heterezigot 4b/a genotipleri (4b/b vs. 4b/a: OR = 0.58, 95% CI = 0.34 to 0.99, p=0.044) için NSCLP'e yatkınlık gözlemlenmiştir. Sonuç: Bu çalışmada toplumlar arasında NOS3 VNTR allel sklığında belirgin farklılıklar göstermektedir. Hint toplumu için NOS3 27-bp VNTR polimorfismi ve NSCLP arasında koruyucu asosiyasyon bulunmaktadır. Anahtar Kelimeler: nitrik oksit, NOS3, VNTR polimorfizmi, orofasiyal cepler, Hintliler Çıkar Çatışması: Yazarların çıkar çatışması ...