Em Portugal, mais de 150.000 ha de plantações de eucalipto (Eucalyptus globulus) são já geridas em conformidade com os sistemas internacionais de certificação. O objetivo deste trabalho foi o de avaliar a biodiversidade e a qualidade ecológica de pequenos rios associados a este tipo de povoamentos, usando diversas comunidades aquáticas-peixes, anfíbios e macroinvertebrados-bem como um índice de condição morfológica fluvial (qualidade do leito e margens). Este estudo foi conduzido em dois cursos de água localizados na zona centro de Portugal, a ribeira da Foz (média dimensão e regime hidrológico permanente) e a ribeira dos Rouxinóis (pequena dimensão e regime intermitente), com envolventes dominadas por plantações certificadas de eucalipto, e por isso com zonas ripícolas bem conservadas. A ribeira da Foz revelou associações piscícolas com elevada riqueza específica e que, embora dominadas por uma espécie exótica (Gobio lozanoi), incluíram várias espécies ameaçadas. A anfíbiofauna apresentou-se contudo pouco abundante, muito provavelmente devido à grande diversidade e densidade piscícola e à presença significativa do lagostim-vermelho-do-Louisiana (Procambarus clarkii). Neste sistema, registou-se ainda uma boa qualidade da condição morfológica, bem como uma elevada diversidade da comunidade de macroinvertebrados, reflexo de boa qualidade da água. Na ribeira dos Rouxinóis a comunidade piscícola foi próxima da potencial para este tipo de rios, e a anfíbiofauna apresentou-se diversa e abundante. No entanto, a comunidade de macroinvertebrados revelou-se muito pouco diversa, provavelmente devido à menor riqueza de habitats ou às elevadas condutividades aí verificadas. Os resultados demonstraram que rios associados a eucaliptais certificados podem apresentar boa qualidade ecológica e uma significativa biodiversidade aquática.