Cet article de synthèse, fruit du travail d’un collectif interdisciplinaire de chercheuses et chercheurs du Réseau des Zones Ateliers françaises (CNRS), porte sur la mise en œuvre des projets de restauration de la continuité écologique des cours d’eau. Les projets de restauration se trouvent au cœur d’une importante controverse dans l’espace public français depuis plusieurs années. En particulier, certains acteurs questionnent la pertinence de la politique publique visant à effacer les ouvrages qui contribuent à l’interruption de la continuité des cours d’eau. Dans cet article, nous faisons d’abord une synthèse des effets connus de l’interruption de la continuité dans ses dimensions longitudinale, latérale et verticale vis-à-vis des enjeux biophysiques et socio-économiques. Eu égard à la complexité des processus concernés, de la variabilité des contextes territoriaux possibles et des incertitudes associées à la restauration des hydrosystèmes, notre analyse révèle la nécessité d’inscrire les projets de restauration dans un projet plus large autour de la gestion des ressources aquatiques mené à l’échelle d’un territoire et reposant sur un processus décisionnel participatif. La décision de restaurer ou de ne pas restaurer la continuité ne peut s’en remettre exclusivement à la science et à l’expertise technique. Forts de ce constat, nous proposons ici une démarche stratégique pour adresser les défis qui entourent la restauration de la continuité. Cette démarche intègre dix points de vigilance à prendre en compte pour la mise en œuvre de projets de restauration à la fois soutenus par les différents acteurs et efficaces par rapport aux objectifs définis.