Bawang merah adalah salah satu komoditas hortikultura unggulan di Indonesia. Salah satu kendala produksi bawang merah di Indonesia adalah penyakit busuk pangkal yang disebabkan oleh Fusarium oxysporum. Beberapa mikrob endofit telah dilaporkan perannya sebagai agens hayati dan efektif menekan penyakit tanaman. Penelitian ini bertujuan mengetahui kemampuan Bacillus siamensis, Chaetomium sp., Cuvularia lunata, dan Trichoderma asperellum dalam menekan pertumbuhan F. oxysporum. Mikrob endofit merupakan koleksi Departemen Proteksi Tanaman, Institut Pertanian Bogor. Pengujian secara in vitro dilakukan dengan metode uji koloni ganda dan uji produksi senyawa organik volatil (SOV) anticendawan dengan metode tangkup. Pengujian SOV dilakukan pada medium ADK dan TSA dengan tingkat konsentrasi, yaitu 20%, 40%, 60%, 80%, dan 100%. Uji in vivo dilakukan dengan menanam umbi bawang merah setelah direndam dalam suspensi mikrob endofit, kemudian dilakukan inokulasi F. oxysporum pada 1 minggu setelah tanam. Hasil uji koloni ganda menunjukkan hambatan sebesar 51.41% (B. siamensis), 71.04% (Chaetomium sp.), 69.45% (C. lunata), dan 74.55% (T. asperellum), sedangkan uji produksi SOV menunjukkan nilai THR yaitu 34.45% (B. siamensis), 14.53% (Chaetomium sp.), 35.23% (C. lunata), dan 42.57% (T. asperellum). Penghambatan insidensi penyakit oleh mikrob endofit pada uji in vivo berkisar 60.00% sampai dengan 73.33%.