El Puerto de Honda, Tolima, fue tal vez el puerto más importante del s. XIX para el interior de Colombia, pues en sus aguas se gestaba el comercio que entraba y salía de Santa Fe de Bogotá. En este puerto también es donde se produjeron múltiples procesos sociales, como la boga y la esclavitud, que sectorizaban sus pobladores en las riberas del río Magdalena, estableciendo jerarquías y castas. Finalmente, por las características biogeográficas de la zona, esta área cuenta con biomas con gran diversidad de recursos para la subsistencia, entre los que resalta la pesca en el Magdalena. Sin embargo, el análisis bioarqueológico ejecutado en la colección del cementerio republicano de Puerto Bogotá, hallado en 2018 en el margen derecho del Magdalena, frente a Honda, para el proyecto de Minciencias-511 “Análisis paleogenético y paleoantropológico de los grupos prehispánicos de la cuenca del río Magdalena”, parece indicar una posible situación de marginalización y de carencia, ya que el 15,6% presentan lesiones poróticas, un 33,8% lesiones inflamatorias periósticas y un 22,2% hipoplasias en el esmalte dental. Entre estos casos se resaltan tres individuos (uno juvenil y dos infantiles) que concentran varios marcadores de estrés inespecífico, dando cuenta de su padecimiento reiterado en vida. Estos casos llevan a considerar escenarios de segregación y limitación en el acceso a los recursos de ciertos sectores de la población, especialmente frente a aquellos inhumados en el cementerio de Puerto Bogotá.