Express-genotyping of Achromobacter spp. in biological samples

Abstract

bacter) -грамотрицательный неферментирующий микроорганизм, вызывающий внутрибольничные инфекции. Обнаружен в крови, спинальной, пери-тонеальной и плевральной жидкостях, гное, моче, мазках из глаза, уха, зева, нестерильной дистил-лированной воде и растворах хлоргексидина [1]. Achromobacter spp. сложно идентифицировать с по-мощью фенотипических методов, особенно в ран-них (48 ч) культурах. Возможна ложная идентифи-кация как Bordetella, Pseudomonas, Burkholderia. В на-стоящее время род Achromobacter насчитывает 16 ви-дов. Дополнительно выделяют геногруппы 1,3,8,9, 12, 13, 16, 17, 18, 19, 20, не оформленные как виды. Метод масс-спектрометрии (MicroFlex, «Bruker», Германия) идентифицирует представителей только некоторых видов Achromobacter spp. и, преимуще-ственно, как A. xylosoxidans. Таким образом, видо-вая идентификация возможна только с помощью молекулярно-генетических методов. В молекуляр-но-эпидемиологическом анализе хорошо зареко-мендовал себя метод мультилокусного секвениро- Achromobacter spp. -условно-патогенный микроорганизм, вызывающий внутрибольничные инфекции, особенно опас-ный для пациентов отделений реанимации и интенсивной терапии и пульмонологии. микроорганизм сложен в иденти-фикации методами классической микробиологии и масс-спектрометрии. целью данного исследования была разработка схемы экспресс-генотипирования с помощью молекулярно-генетических методов, позволяющей на основе минимального количества мишеней идентифицировать вид и генотип Achromobacter spp. исследование выполнено на биологических образцах от пациентов, у которых ранее нами был определен Achromobacter spp. использован метод мультилокусного секвенирования (multi locus sequence typing, mlst), дополненный необходимыми для дифференциальной диагностики мишенями. результатом работы является протокол экспресс-генотипирования Achromobacter spp., включающий выделе-ние ДНК из биологического образца, амплификацию и секвенирование трех генов: gltB, nrdA765 и bla-OXA с последу-ющим определением вида и генотипа микроорганизма. Применение протокола позволяет сократить время и расходы на идентификацию Achromobacter spp. и по результатам анализа своевременно изолировать пациентов, инфицированных эпидемически значимыми штаммами ахромобактера. Ключевые слова: Achromobacter spp., мультилокусное секвенирование, генотипирование, экспресс-диагностика.Achromobacter spp. -opportunistic microorganism, causing nosocomial infections, which are especially dangerous for the patients from the departments of the reanimation and intensive therapy and pulmonology. this microorganism is very complicated in the identification by classical microbiological methods and by mass-spectrometry. the aim of this investigation was the development of the express-genotyping scheme with help of the molecular-genetic methods. this scheme allows to identify the species and the genotype of Achromobacter spp. on the base of the minimal targets number. the investigation was made on the biological samples from the patients, who were detected earlier in our research as infected by Achrom...