Objective: To analyze two methods of reducing conjunctivalmicrobiota in patients undergoing cataract surgery. Methods: A clinical trial with a convenience sample of 57 patients diagnosed with senile cataract (57 eyes) who underwent phacoemulsification with intraocular lens implantation in Recife from 2011 to 2013. Patients were divided into two groups: ATB (27 eyes) in which was instilled antibiotic eye drops (gatifloxacin 0.3%) and ASS (30 eyes) with antiseptic eye drops (iodopovidine 5%); both medications were instilled three times (one drop every 20 minutes, an hour prior to surgery). The groups were evaluated from two collections of conjunctival material: first before instilling some eye drops and the second one immediately after surgery. Gram stain, culture and sensitivity were performed. Results: Comparing the reduction in the number of bacteria found in the slides in the pre-and postoperative, there was no statistically significant difference in both groups. Conclusion: Both use of antiseptic or antibiotic, used as prophylaxis forendophthalmitis, can reduce the conjunctivalmicrobiota.Keywords: Endphthalmitis; Antibiotic prophylaxis; Conjunctiva/microbiology RESUMO Objetivo: Analisar dois método de redução da microbiota conjuntival em indivíduos submetidos à facectomia. Métodos: Ensaio clínico, com amostra de conveniência de 57 pacientes, com diagnóstico de catarata senil (57 olhos), submetidos à facoemulsificação com implante de lente intraocular em Recife entre 2011 a 2013. Os pacientes foram alocados em dois grupos: ATB (27 olhos) no qual foi instilado colírio antibiótico (gatifloxacino a 0,3%) e ASS (30 olhos) colírio antisséptico (iodopovidine a 5%), ambas as medicações foram instiladas três vezes (uma gota a cada 20 minutos, uma hora previamente à cirurgia). Os grupos foram avaliados a partir de duas coletas de material conjuntival: a primeira antes de instilar algum colírio e a segunda imediatamente após a cirurgia.Foi realizada bacterioscopia, cultura e antibiograma. Resultados: Comparando-se a redução no número de bactérias encontrado nas lâminas no pré e pós-operatório, não se verificou diferença estatística significativa nos dois grupos. Conclusão: Tanto o uso do antisséptico como do antibiótico usados como profiláticos para a endoftalmite reduzem a microbiota conjuntival