Introducción: Existe una amplia evidencia en población adulta, que un alto nivel de actividad física, y un bajo nivel de sedentarismo, se asocian de forma independiente con una reducción de los Factores de Riesgo Cardio-Metabólico (FRCM). Esta asociación ha sido poco estudiada en población joven y los resultados no son concluyentes.Objetivo: Estimar la asociación entre FRCM, actividad física y sedentarismo en estudiantes universitarios chilenos.Métodos: Estudio de corte transversal. Muestra de 326 estudiantes matriculados el año 2014 en la Universidad de La Frontera, Temuco-Chile, seleccionados en forma aleatoria, estratificada según facultad, carrera y sexo. Se evaluó antropometría, presión arterial, perfil lipídico, glicemia, insulinorresistencia, consumo de tabaco y alcohol. Estas variables se asociaron con los Niveles de Actividad Física (NAF) y sedentarismo de acuerdo al cuestionario IPAQ.Resultados: Los estudiantes con un NAF bajo tuvieron mayor probabilidad de tener obesidad abdominal [OR: 4,68; IC95% 1,86-11,73], síndrome metabólico [OR: 3,80; IC 95% 1,23-11,73] y triglicéridos elevados [OR: 2,61 IC95%; 1,18-5,75], en comparación con aquellos estudiantes que realizaban un NAF moderado o vigoroso (p<0,05). No se observó asociación entre FRCM y sedentarismo, incluso luego de ajustar por actividad física.Conclusión: Encontramos asociación entre FRCM y NAF, que fue independiente del sedentarismo. Es de suma importancia implementar programas de actividad física efectivos en las universidades, motivando a los estudiantes a incrementar los NAF a rangos moderado y vigoroso con el fin de reducir el riesgo cardiovascular. Consideramos que es necesario seguir investigando la asociación entre sedentarismo y FRCM.