Resumo Objetivo Comparar o desempenho das equipes de saúde bucal (ESBs) das modalidades I e II no processo de trabalho e as diferenças entre regiões brasileiras. Métodos Estudo transversal, com dados das ESBs que aderiram ao Programa Nacional de Melhoria do Acesso e da Qualidade da Atenção Básica (2013-2014). A análise de classes latentes identificou subgrupos de ESBs segundo desempenho (consolidado, em desenvolvimento ou incipiente) no processo de trabalho (planejamento das ações; promoção da saúde; atenção integral). Comparadas as modalidades, obteve-se o índice de disparidade. Resultados Avaliadas 15.886 ESBs, as da modalidade II apresentaram maior percentual de processo de trabalho consolidado nas regiões Sudeste (67,8 a 94,6%) e Sul (54,8 a 93,0%); observou-se maior disparidade no processo de trabalho consolidado entre ESBs da modalidade II (6,3 a 26,5), comparadas à modalidade I (3,9 a 18,4). Conclusão ESBs da modalidade II guardam potencial para melhor desempenho no processo de trabalho, com disparidades regionais.