Familial non-syndromic cleft lip and palate--analysis of the IRF6 gene and clinical phenotypes

Abstract

The aim of this study was to characterize Swedish families with non-syndromic cleft lip and/or palate (NSCL/P) for mutations or other sequence variants in the interferon regulatory factor 6 (IRF6) gene, as well as to describe their cleft phenotypes and hypodontia. Seventeen Swedish families with at least two family members with NSCL/P were identified and clinically evaluated. Extracted DNA from blood samples was used for IRF6 mutation screening. Exonic fragments of the IRF6 gene were sequenced and chromatograms were inspected. Statistical analysis was undertaken with marker- and haplotype association tests. No disease-associated IRF6 mutation could be determined in the families analyzed. One new and seven known single nucleotide polymorphisms (SNPs) were detected. The A allele of SNP rs861019 in exon 2 and the G allele of SNP rs7552506 in intron 3 showed association with cleft lip and palate (CLP; odds ratios of 3.1 and 5.45, respectively). Hypodontia was observed more commonly in individuals affected with CL/P as compared with family members without a cleft (P < 0.01). The hypodontia most often affected the cleft area, possibly representing a secondary effect. The distribution of cleft phenotypes in 15 of the 17 families with NSCL/P differed from the mixed cleft types seen in Van der Woude syndrome (VWS), in that CLP did not occur together with an isolated cleft palate within the same family. It was concluded that mutations of the IRF6 gene are not a common cause for cleft predisposition in Swedish NSCL/P families.

Triagem de mutação no éxon 3 do gene IRF6 em indivíduos com fissura labiopalatina e agenesia dentária: padronização de protocolo para seqüenciamento de DNA genômico a partir de saliva

“…Nos diversos centros de pesquisa estão sendo utilizados protocolos distintos para a preparação das amostras com vistas ao seqüenciamento direto, cada um aplicado a um tipo de plataforma de seqüenciamento (RILEY et al, 2007;JIA et al, 2009;TANG et al, 2009;SUAZO et al, 2008;BIRNBAUM et al, 2008;PEGELOW et al, 2008). Desta forma, é imprescindível que para iniciar uma linha de pesquisa na área de seqüenciamento direto em um laboratório de Biologia Molecular seja padronizado o protocolo para a utilização de determinada plataforma de seqüenciamento.…”

“…A maioria dos estudos envolvendo seqüenciamento direto do DNA genômico utiliza sangue como material de partida (RILEY et al, 2007;JIA et al, 2009;TANG et al, 2009;SUAZO et al, 2008;BIRNBAUM et al, 2008;PEGELOW et al, 2008).…”

“…Neste estudo, foi seqüenciado o éxon 3 inteiro incluindo as regiões de splice do éxon e em todas as amostras foram seqüenciadas as fitas forward e reverse para confirmação. (RILEY et al, 2007;JIA et al, 2009;TANG et al, 2009;SUAZO et al, 2008;BIRNBAUM et al, 2008;PEGELOW et al, 2008). Para a coleta desse fluido é necessário um exame invasivo, Esse protocolo 3 exige uma quantidade maior de reagentes, exigindo um pouco mais de tempo para sua execução.…”

“…Em relação à metodologia para essas análises, o seqüenciamento direto de DNA, associado ou não a outras metodologias, sem dúvida tem sido o método de eleição (PEGELOW et al, 2008;PARANAÍBA et al, 2008;TANG et al, 2009;JIA et al, 2009;PARANAÍBA et al, 2009 JAKOBSEN et al, 2007;PEGELOW et al, 2008;BIRNBAUM et al, 2008;SUAZO et al, 2008;TANG et al, 2009;JIA et al, 2009 Woude (OMIM 119300) e pterígeo poplíteo (OMIM 119500), as quais são condições que clinicamente podem cursar com a fissura de lábio e palato em sua forma isolada (KONDO et al, 2002;VIEIRA, 2008a;PARANAÍBA et al, 2008). A forma mais comum de fissura sindrômica é a síndrome de van der Woude, cuja característica clínica é a fissura labiopalatina associada a fístulas no lábio inferior (em 85% dos casos) e agenesias dentárias (em 25% dos casos) (GHASSIBÉ et al, 2005;PARANAÍBA et al, 2008).…”

“…(1 para 500 a 2000 nascidos vivos), associada ou não, à agenesia dentária (ZUCCHERO et al, 2004;RILEY et al, 2007;VIEIRA et al, 2007a;VIEIRA et al, 2007b;PEGELOW et al, 2008;VIEIRA et al, 2008b).…”