Resumo: Introdução: O curso de Medicina apresenta alta prevalência de transtornos mentais, e essa situação é agravada com a pandemia da Covid-19. Objetivo: Assim, o objetivo deste estudo foi analisar os fatores associados aos sintomas de ansiedade, depressão e estresse em estudantes de Medicina durante o período pandêmico. Método: Trata-se de um estudo transversal analítico com abordagem quantitativa. Foram aplicados dois questionários: um sobre dados sociodemográficos, pessoais e acadêmicos, e a DASS-21. Resultado: Investigou-se uma amostra de 274 estudantes de Medicina. A maioria dos participantes era do sexo feminino (63,5%) com idade que variava de 21 a 25 anos (58,4%). Dos entrevistados, 40,1% raramente encontraram os amigos. A maior parte estava insatisfeita com o rendimento acadêmico (79,9%) e acusou piora na qualidade de vida (54,7%). Em relação aos dados sociodemográficos, foi evidenciada uma incidência muito maior de depressão, ansiedade e estresse em estudantes do sexo feminino (p < 0,0001). No que diz respeito aos dados pessoais e clínicos, os estudantes que já tinham doença psiquiátrica apresentaram mais comumente ansiedade, estresse e depressão (p < 0,0001), e aqueles já faziam terapias psicológicas tiveram o mesmo resultado (p < 0,0001). Quanto aos aspectos acadêmicos, no grupo que referiu já ter pensado em abandonar o curso, houve maior incidência de depressão, ansiedade e estresse (p < 0,0001), bem como quem referiu piora na qualidade de vida durante a pandemia teve depressão, ansiedade e estresse com maior frequência (p < 0,0001). Conclusão: Este estudo evidenciou aspectos sociodemográficos, pessoais e acadêmicos, e, consequentemente, os fatores que estiveram associados a maiores níveis de ansiedade, depressão e estresse em estudantes de Medicina durante a pandemia da Covid-19. Tendo em vista o impacto da pandemia na saúde mental dos estudantes, é essencial a adoção de medidas e programas específicos que visem à diminuição e à prevenção dos transtornos psíquicos no ambiente estudantil.