Objetivo: Descrever as características clínico-epidemiológicas e a autocorrelação espacial da COVID-19 no estado do Maranhão. Método: Trata-se de um estudo descritivo e ecológico, tendo como unidades ecológicas de análise os municípios do estado. Foram considerados todos os casos novos de COVID-19, registrados entre março de 2020 e janeiro de 2022, junto ao Sistema de Notificação da COVID-19 do Maranhão. As variáveis clínico-epidemiológicas foram analisadas por meio da estatística descritiva. Determinaram-se as taxas de incidência padronizadas pela idade por municípios do estado e a autocorrelação espacial foi verificada por meio dos índices de Moran global e local. Resultados: Foram registrados 386.567 casos, dos quais a maioria era do sexo feminino, raça/cor parda, idade de 30 a 39 anos, com critério de diagnóstico laboratorial, realizado em laboratório público, sem comorbidade e que não evoluíram para óbito. Observou-se autocorrelação espacial positiva das taxas de incidência na primeira e segunda onda da doença, sendo identificados clusters de alto risco, estatisticamente significantes, principalmente na região centro-sul do estado. Conclusão: Tais achados podem auxiliar a gestão, os sistemas e os serviços de saúde na implementação de medidas direcionadas à mitigação e ao controle da doença, subsidiando a redução de disparidades de saúde e desigualdades sociais no estado do Maranhão.