Filogenia molecular e cultivo de Archaea de solos de Cerrado sensu strictoc

Abstract

Brasília, para a obtenção do título de Mestre em Biologia Molecular.Orientadora: Dra. Cynthia Maria Kyaw Brasília, março de 2015ii Dedico esta dissertação à memória de minha querida avó Eloá, que sempre me incentivou na busca pelo conhecimento e cujos carinho e amor me fazem muita falta.iii AGRADECIMENTOS Em primeiro lugar gostaria de agradecer a minha orientadora, Cynthia Kyaw, por toda a ajuda, paciência e apoio ao longo destes anos. Seus conselhos e orientação presente foram essenciais para o desenvolvimento deste trabalho. Tive muita sorte de tê-la como orientadora. Muito obrigada por tudo Cynthia! Agradeço aos meus pais, Elder e Luciana, que sempre me apoiaram em todas as minhas decisões e mesmo sem entender muito bem do que se tratavam essas tais de archaeas, sempre estiverem dispostos a me escutar ao longo destes anos. Sou muito grata pelo incentivo e apoio incondicionais de vocês.Aos meus irmãos, tios, primos e avôs, pela constante presença, carinho e apoio, muito obrigada! Ao meu amor, Diego, que sempre esteve ao meu lado, compartilhando de cada alegria e conquista e me confortando e apoiando nos momentos mais difíceis, muito obrigada pelo companheirismo.Tenho muito a agradecer também às pessoas que tornam meu dia-a-dia tão agradável e divertido no laboratório: Thiago Rodrigues, Deborah Vasconcellos, Letícia Mallmann e Letícia Velasco. Muito obrigada pelas risadas, amizade, companhia e ajuda. De forma especial, gostaria de agradecer ao Thiago, por toda a ajuda e paciência durante as análises de bioinformática e pelas inúmeras contribuições intelectuais.Agradeço à professora Heloísa Miranda pelo grande auxílio com as coletas de solo e discussão de informações referentes a ecologia do Cerrado.Também gostaria de agradecer ao professor Ricardo Krüger por sua colaboração com esta pesquisa.Agradeço à Ingrid e ao Cláudio, membros do laboratório de Microscopia da Unb, por toda a disponibilidade e ajuda na preparação de amostras para análises de microscopia.iv Aos responsáveis pelo sequenciamento do Laboratório de Biologia Molecular da UnB, em especial ao Bruno Sales, pelo sequenciamento de parte das amostras deste trabalho, muito obrigada.Gostaria de agradecer à querida Cinthia Bonatto, por toda a paciência e perseverança nas tentativas de análise das células cultivadas por microscopia de força atômica e por toda as conversas e dicas. Agradeço também ao Prof. Luciano Paulino por disponibilizar seu laboratório e equipamentos.Também tenho muito a agradecer ao amigo Marco Oliveira, sempre disposto a me escutar lamentar sobre cada experimento que deu errado. Obrigada pelas muitas conversas, risadas, histórias e visitas ao laboratório.Não posso deixar de agradecer aos meus coleguinhas biológicos, grandes amigos desde os tempos de graduação, que tanto me aconselharam e escutaram ao longo do mestrado: Stefânia, Luíza, Ester, Chael, Amanda, Thiago, Diogo, Gabriel, Anderson, Gabriela, Marco e Guilherme.Agradeço também às queridas Mariana, Camila, Karina, Nathália, Michelle, Fernanda e Fabiana, amigas desde os tempos de ...

Cultivo e caracterização de membros do domínio Archaea a partir de sedimentos límnicos do Cerrado

“…As amostras de sedimentos e água utilizados para a confecção dos meios de cultura e como fonte do inóculo inicial foram coletadas em dois momentos: no dia 02 O sedimento utilizado para a extração de DNA total foi coletado em setembro e seus parâmetros físico-químicos foram realizados pela empresa SOLOQUIMICA Análises de Solo Ltda (tabela 5). O valor de pH ácido é consistente com o encontrado na literatura para solos e sedimentos de lagoa do Cerrado (Zardo et al, 2011;Catão et al,2013;Rodrigues et al, 2014;Dias, 2015), provavelmente devido à liberação de íons de hidrogênio oriundos das atividades metabólicas dos microrganismos (Esteves, 2011). (Simon et al, 2005;Kim et al, 2012;Xu et al, 2012;Santoro et al, 2014Stieglmeier et al, 2014Zhalnina et al, 2014).…”

“…(Simon et al, 2005;Kim et al, 2012;Xu et al, 2012;Santoro et al, 2014Stieglmeier et al, 2014Zhalnina et al, 2014). A dificuldade de crescimento em meio líquido também foi observada em um experimento de cultivo de archaeas de solo do Cerrado realizado pelo nosso grupo (Dias, 2015).…”

“…Também foram observados dois padrões de arranjo celular distintos, células isoladas (Figuras 9a e 10a) e células agrupadas em mosaicos (Figuras Com o intuito de comparar as archaeas cultivadas a partir do córrego Roncador com a comunidade de Archaea que se encontra presente no sedimento deste córrego, foram realizadas análises de filogenia molecular utilizando DNA extraído diretamente das amostras de sedimento do córrego, sendo seus resultados utilizados em análises comparativas com os resultados obtidos a partir das análises de filogenia molecular utilizando o DNA extraído das culturas obtidas em meios artificiais.Em 1992, DeLong propôs a utilização do par de iniciadores 21F/948R para amplificar uma região do gene de rRNA 16S de Archaea, visando a detecção de membros deste domínio de origem planctônica, em ambientes não extremos. Desde então, este par tem sido utilizado em vários trabalhos que descrevem a presença de archaeas em diversos ambientes, sendo empregado anteriormente com sucesso pelo nosso grupo de pesquisa na caracterização de membros de Archaea em solos(Catão et al, 2013;Dias, 2015) e sedimentos de lagoa(Rodrigues et al, 2014) do Cerrado. Por este motivo, este par também foi selecionado para a amplificação de genes de rRNA…”