Introducción: Las charcas temporales son ecosistemas acuáticos variables en su estructura física y biótica, efímeros en el paisaje e importantes en el flujo de materia y energía. Los macroinvertebrados acuáticos constituyen el grupo más abundante y diverso en estos ecosistemas, por ello, resulta de gran importancia comprender su composición temporal y espacial. Objetivo: Evaluar la diversidad alfa y beta de las comunidades de macroinvertebrados acuáticos de seis charcas temporales durante dos épocas climáticas en el norte de Colombia. Métodos: Se muestreó en la zona litoral y limnética empleando la red tipo D y draga van veen. Se utilizaron índices ecológicos de diversidad alfa y beta mediante el análisis de conglomerados para conocer los grupos conformados, finalmente, se realizó un análisis permutacional entre épocas climáticas y charcas. Resultados: se identificaron 3 358 individuos, representados por 13 órdenes, 39 familias y 68 géneros. La mayor abundancia y diversidad (N = 485, 0D = 32) durante la época de lluvia se presentó en Los Campanos, mientras que la charca Villa Leidy tuvo el mayor número de taxones comunes (18) y dominantes (14). En la época de sequía, la charca Los Trillizos presentó la mayor abundancia (533) y diversidad (43); mientras que Villa Leidy y El Miquito el mayor número de taxones dominantes (16). El análisis de disimilitud evidenció que las charcas tienen una composición particular, ya que no se evidenció agrupamiento a escala espacial ni temporal; además, se observó alto recambio de taxones. Finalmente, el análisis de correspondencia canónica exhibió un agrupamiento debido a la temporalidad. Conclusiones: la composición de las comunidades de macroinvertebrados acuáticos de las charcas temporales son muy diversas, presentando alto recambio tanto espacial como temporal, reflejando altos valores de remplazamiento de taxones entre ápocas climáticas. El análisis de los microhábitats mostró que la zona litoral mantuvo una composición similar durante el estudio.