Hybridization frequently occurs among poplars, both naturally and artificially, hindering identification. Over 32 million clonal poplars, predominantly hybrids, have been planted throughout the Canadian prairies over the past century, making confirmation of genomic identity important. We developed a genotyping assay that rapidly diagnoses four compatible Populus species (Populus balsamifera L. and Populus deltoides Bartr. ex Marsh.: indigenous, Populus laurifolia Ledeb. and Populus nigra L.: exotics) and their hybrids found throughout this ecozone. First, we sequenced 23 genes from representative provenances of the four Populus species to discover single nucleotide polymorphisms (SNPs). Second, we developed and validated a medium-throughput genotyping assay of 26 diagnostic SNPs within these genes. We used this assay to genotype 198 trees from natural populations as well as 30 clones (pure species and hybrids), including those broadly distributed by Agriculture and Agri-Food Canada's Agroforestry Development Centre since 1910. This suite of SNPs has the resolving power to correctly identify pure species and hybrids of Populus. We confirmed the identity of clones of welldocumented origin, complex hybrids with exotic components, and paternity of open-pollinated progenies from breeding programs. This diagnostic tool should prove useful for efficient molecular fingerprinting of breeding material and for further studies of interspecific gene flow on the Canadian prairies. Résumé : L'hybridation est fréquente chez les peupliers et rend parfois difficile leur identification. Au cours du dernier siè-cle, plus de 32 millions de peupliers, principalement hybrides, ont été distribués dans l'écozone des Prairies canadiennes rendant la confirmation de leur identité génomique nécessaire. Nous avons développé une puce de génotypage permettant de diagnostiquer rapidement quatre espèces compatibles du genre Populus (Populus balsamifera L. et Populus deltoides Bartr. ex Marsh. : indigènes, Populus laurifolia Ledeb. et Populus nigra L. : exotiques) et leurs hybrides retrouvés dans cette éco-zone. Nous avons d'abord séquencé 23 régions génétiques d'individus provenant des aires de distribution naturelle pour dé-couvrir des SNPs (single nucleotide polymorphisms) spécifiques des espèces. Ensuite, nous avons validé un ensemble de 26 SNPs diagnostiques en génotypant 198 arbres provenant de populations naturelles, ainsi que 30 clones distribués par le Centre de Développement de l'Agroforesterie d'Agriculture et Agroalimentaire Canada depuis 1910. L'ensemble de SNP déve-loppés possède la résolution nécessaire pour identifier correctement les quatre espèces pures étudiées et leurs hybrides. Il nous a permis de confirmer l'identité de clones d'origine connue, d'hybrides complexes à composantes exotiques, et la paternité de descendances issues de pollinisation libre. Cet outil diagnostique devrait s'avérer utile pour obtenir rapidement des empreintes moléculaires de matériel utilisé dans des programmes de sélection et pour des études de flux...