Introducción: El flúor en agua potable ha demostrado ser efectivo contra las caries, sin embargo, una alta exposición a fluoruros es una de las principales causas de fluorosis dental en niños. Objetivo: El objetivo de este estudio fue determinar la concentración de flúor en agua de consumo para conocer si constituye un factor de riesgo para la fluorosis dental en niños del sector rural de Cuenca-Ecuador. Metodos: El muestreo se realizó en nueve parroquias rurales del cantón, en tres puntos de red: (1) tanques de captación, (2) tanques de almacenamiento del sistema de potabilización, y (3) el sistema de distribución en escuelas, considerando el periodo estacional de verano (época sequía) o invierno (época lluviosa). Las determinaciones de flúor se realizaron con la técnica del ion selectivo. Resultados: Los resultados indicaron que todas las muestras estuvieron debajo de la concentración de 1.5 mg/L (límite OMS), en los rangos: 0,0–0,0565 mg/L en los tanques de captación; 0,0–0,0440 mg/L en los tanques de almacenamiento; y 0,0–0,0525 mg/L en los sistemas de distribución de las instituciones educativas. La prueba ANOVA indicó que las variables parroquias y estación influyen en la concentración de fluoruros (valor p<0.01). Conclusiones: La concentración de flúor en el agua es menor a la concentración límites permitida, lo anterior permite descartar al agua potable como causa para el desarrollo de fluorosis dental. Los hallazgos presentados respaldan el investigar otros factores de riesgo como condiciones geográficas, alimentación, dentífricos, etc., debido a que la fluorosis dental constituye un problema multifactorial.