O Brasil, país com forte setor agrícola, tem se destacado mundialmente quanto ao consumo de agrotóxicos. Estas substâncias estão entre os principais contaminantes hídricos provenientes do setor agrícola, representando um risco para ecossistemas aquáticos. A Portaria de Consolidação n° 5 de 2017 prevê a obrigatoriedade do monitoramento de agrotóxicos na água fornecida à população brasileira, porém, um reduzido número de municípios cumpre a determinação. Cabe destacar que devido a magnitude do Brasil e suas diferentes características, os compostos elencados na referida portaria podem não representar a realidade local. A própria portaria recomenda um plano de amostragem com base no uso de agrotóxicos na bacia hidrográfica do manancial bem como uma análise da sazonalidade das culturas. Neste sentido, o objetivo do presente estudo é propor um método para a priorização de culturas agrícolas, ingredientes ativos e épocas para o monitoramento de agrotóxicos em mananciais, tendo o estado do Espírito Santo como estudo de caso. Foram utilizados dados de área plantada com culturas agrícolas; de comercialização de agrotóxicos e suas características físico-químicas; da fenologia e fitossanidade das culturas; e das condições climáticas do estado para a seleção dos agrotóxicos e épocas prioritárias. No estado do Espírito Santo as culturas de café, cana-de-açúcar, milho e banana foram indicadas como prioritárias pelo método proposto. Dos 86 agrotóxicos comercializados no estado, 54 foram selecionados para o monitoramento. O período chuvoso do ano é a época de maior prioridade para monitoramento dos agrotóxicos elencados devido sua alta concentração de uso destas substâncias. Verificou-se que existem diferenças significativas entre as concentrações de agrotóxicos na água nos meses prioritários e não prioritários, corroborando com a eficácia do método para a definição da época do monitoramento de agrotóxicos. Assim, é importante destacar o potencial do método proposto para auxiliar estados, municípios e regiões a selecionarem, priorizarem e monitorarem agrotóxicos em seus mananciais de forma mais assertiva e adaptada às singularidades locais.