Frequência de polimorfismos do gene TMEM18 numa população de crianças participantes de um estudo de coorte em Salvador – BA

Abstract

ResumoIntrodução: o TMEM18 é um gene localizado no cromossomo 2p25.3. A recente ligação deste gene à obesidade tem sido replicada em diversos estudos de associação genômica para algumas variantes alélicas. O presente artigo analisou as frequências alélicas e genotípicas de polimorfismos no gene TMEM18 numa amostra da população de Salvador -BA, e a diferença das MAFs encontradas em relação às principais populações que respondem pela composição étnica do Brasil -ameríndios, africanos e europeus. Metodologia: participaram deste estudo 1308 crianças com idade entre 4 a 11 anos, integrantes de um estudo de coorte do projeto Social Changes, Asthmaand Allergy in LatinAmerica (SCAALA). Para a genotipagem dos indivíduos foi utilizado o painel comercial Illumina Human Omni 2, com aproximadamente 2.5 milhões de marcadores. Utilizamos os softwares PLINK (PURCELL et al., 2007) e Haploview (BROAD Institute) para controle de qualidade dos SNPs e análise de agregação de haplótipos (Linkage Desequilibrium -LD>4.2%), respectivamente. Resultados: as variantes do gene TMEM18 encontradas localizam-se na região 3´UTR (rs17729501, rs17042334, rs3187671) e intrônica (rs73153245, rs73153246, rs4241323, rs12990777, e rs2293084). Todos os polimorfismos estão em equilíbrio de Hardy-Weinberg. As frequências dos alelos menos frequentes (MAFs) observadas (9% e 9,3%) foram para os SNPs rs17729501 ers17042334, respectivamente. Os polimorfismos com as menores MAFs -s17729501 (9%) e rs17729501 (9,3%) -apresentaram, simultaneamente, as menores frequências genotípicas para homozigose, 0,5% (C/C) e 0,8% (T/T), respectivamente. As maiores taxas de heterozigose observadas na população foram de 44% (A/C -rs2293084) e 47,3% (G/A -rs12990777) e correspondem às maiores frequências alélicas (rs2293084 -34,9%; rs12990777 -47,3%). Os SNPs rs3187671, rs73153245 e rs73153246 estão em desequilíbrio de ligação. Conclusão: as frequências alélicas obtidas para os SNPs, de uma forma geral, diferiram das frequências registradas para populações de referência. O presente trabalho contribuiu com informações sobre a ocorrência de polimorfismos no TMEM18 na população brasileira, bem como com as frequências alélicas dos SNPs analisadas para os futuros estudos do tipo GWAS. Palavras-chave: Polimorfismo. Obesidade. Freqüência. Abstract Introduction: the TMEM18 is a gene located on chromosome 2p25.3. The recent connection of this gene to obesity has been replicated in several studies of genomic association to some allelic variants. This article analyzed the genotype and allele frequencies of polymorphisms in the TMEM18 gene in a sample of the population of Salvador, Bahia, and the difference of the MAFs (Minor Allele Frequency) found in relation to the main populations that account for the ethnic composition of Brazil, such as Amerindians, Africans and Europeans. Methodology: 1308 children, aged between 4 and 11 years old, participated in this study, members of a cohort study of SCAALA project (Social Changes, Asthma and Allergy in Latin America). For the genotyping of indiv...