Introdução: As anomalias congênitas podem ser definidas como qualquer alteração estrutural e/ou funcional, de diferentes graus e etiologias que se originam na vida intrauterina. A estimativa mundial é que cerca de 2% a 3% dos recém-nascidos apresentam alguma anomalia ao nascimento, sendo que, a cada ano, aproximadamente, 300 mil morrem em razão dessa condição. Objetivo: Avaliar a prevalência e os possíveis fatores associados às anomalias congênitas no Brasil no período de 2017 a 2020. Métodos: Estudo epidemiológico observacional, analítico, com corte transversal, baseado em dados secundários de recém-nascidos com anomalias congênitas, no Brasil, durante 2017 a 2020, obtidos no Sistema Nacional de Nascidos Vivos (SINASC). Foram avaliadas variáveis relacionadas às características maternas, fetais e de parto. Resultados: No período avaliado, a prevalência de anomalias congênitas, no Brasil, foi de 7,25 por 1.000 nascidos vivos, mantendo-se relativamente constante em todos os anos avaliados. Verificou-se maior frequência de malformações em mães com idade entre 19 e 40 anos, nas que não realizaram pré natal e que tiveram cesárea antes do início do trabalho de parto. A taxa de anormalidades também foi maior em recém-nascidos pré-termo, com baixo Apgar do 1º minuto e que nasceram com baixo peso, com apresentação podálica e gestação múltipla. As principais malformações foram as osteomusculares e o estado com maior número de anomalias congênitas foi o Amapá. Conclusão: Os resultados deste estudo evidenciaram uma relativa estabilidade da prevalência de anomalias congênitas entre o período estudado. Os principais pontos relacionados às malformações foram a baixa escolaridade materna, gestações múltiplas, parto cesáreo, inadequabilidade do pré-natal, asfixia grave no Apgar de 1º minuto, baixo peso ano nascer, idade gestacional abaixo de 37 semanas e apresentação podálica.