From Alien Species to Alien Communities: Host- and Habitat-Associated Microbiomes in an Alien Amphibian

Abstract

Alien species can host diverse microbial communities. These associated microbiomes may be important in the invasion process and their analysis requires a holistic community-based approach. We analysed the skin and gut microbiome of Eleutherodactylus johnstonei from native range populations in St Lucia and exotic range populations in Guadeloupe, Colombia, and European greenhouses along with their respective environmental microbial reservoir through a 16S metabarcoding approach. We show that amphibian-associated and environmental microbial communities can be considered as meta-communities that interact in the assembly process. High proportions of bacteria can disperse between frogs and environment, while respective abundances are rather determined by niche effects driven by the microbial community source and spatial environmental properties. Environmental transmissions appeared to have higher relevance for skin than for gut microbiome composition and variation. We encourage further experimental studies to assess the implications of turnover in amphibian-associated microbial communities and potentially invasive microbiota in the context of invasion success and impacts. Within this novel framework of “nested invasions,” (meta-)community ecology thinking can complement and widen the traditional perspective on biological invasions.

La reconnaissance des espèces basée sur l’ADN : applications, perspectives et défisen milieu continental terrestre

“…dents, os, peaux, tissus naturellement momifiés ou encore écailles de poisson). Ces matériaux peuvent provenir de peaux/squelettes de musées, de matériaux archéologiques ou de restes paléontologiques et leur âge varie de quelques dizaines d'années à une centaine de milliers d'années (Gugerli et al 2005 ;Leonard 2008). L'extraction de l'ADNa peut se faire à partir de divers échantillons environnementaux comme les sédiments et d'une variété de substrats d'origine animale tels que des coquilles d'oeuf, des plumes ou des coprolithes.…”

“…L'utilisation de l'ADNa devrait révéler de nouveaux aspects intéressants de la biologie et de l'histoire de nombreuses espèces et populations, et contribuer à leur conservation. En effet, ces données permettent d'approfondir les connaissances sur la biologie et l'écologie des espèces, mais également de formuler des recommandations en matière de conservation et de gestion (Leonard 2008). Par exemple, des données de séquences d'ADNa d'espèces de Kiwi de Nouvelle-Zélande (Apteryx spp.…”