Analizar las diferencias en la productividad ha sido un tema de interés en los últimos años en Ecuador. En donde ha existido un rezago y disparidades evidentes en materia de productividad en comparación con los países más desarrollados. Estas brechas se explican fundamentalmente por las diferencias en la estructura productiva de los territorios. Por ejemplo, la presencia y participación de sectores intensivos en tecnología. Por lo tanto, el propósito de este estudio es examinar las brechas productivas en el sector C16 (producción de madera) de Ecuador. Para lo cual, se estimó la función de producción Cobb Douglas empleando las variables ventas, activo fijo neto e insumos intermedios, utilizando el enfoque GMM-SYS para abordar la simultaneidad y endogeneidad que puedan surgir al analizar los datos. En este sentido se calcularon las brechas productivas del sector, determinando que el factor que más contribuye a los ingresos por ventas de las empresas es el número de empleados, seguido del activo fijo neto y, por último, los insumos intermedios. La productividad de factores revela picos significativos entre los años 2018 y 2021, lo que indica una marcada disminución en la productividad del sector en ese periodo. Los resultados destacan la importancia de aumentar la productividad en empresas, especialmente, en las pequeñas y medianas mediante la aplicación del uso de prácticas de gestión efectivas, la adopción de la tecnología adecuada y acceso a recursos financieros.