Os fungos micorrízicos arbusculares (FMAs) são seres simbiontes de solo que exercem um papel significativo na funcionalidade e manutenção dos ecossistemas naturais manejados e principalmente degradados. O presente estudo objetivou avaliar a ocorrência de FMAs na rizosfera de Andirobeira, Sapoteira do Solimões e Cupuaçuzeiro presentes em um Sistema Agroflorestal, sendo avaliados em quatro meses (março, junho, setembro e dezembro) de 2018. O esquema fatorial 3x4 foi usado e as médias dos tratamentos foram comparadas pelo teste de Tukey. A ANOVA de medidas repetitivas demonstrou que há efeito do tempo (F (3,12) =3.776; p- valor= 0.019) e da interação entre tempo e espécie (F(6,36) =3.918; p-valor= 0.004) na densidade de esporos. Verificou-se que as rizosferas da Sapoteira do Solimões e da Andirobeira apresentaram as maiores médias de densidade de esporos (76,2 e 70,4 esporos.50 g de solo-1), no mês de março encontrou-se uma amostra com 97 esporos.50 g de solo-1, sendo a maior encontrada. As maiores taxas de colonização micorrízica (%) foram observadas nas rizosferas da Sapoteira do Solimões e da Andirobeira, as quais diferiram estatisticamente do Cupuaçuzeiro, não havendo diferença estatística entre os meses de coleta. O gênero Glomus spp. foi dominante nas rizosferas das plantas (43,1 %), sendo o menos abundante o Gigaspora spp. (10,04 %).