O trato gastrointestinal é um sítio frequente de envolvimento nas infecções oportunistas. Muitos agentes etiológicos estão incluídos e podem ser de origem bacteriana, viral, fúngica ou parasitária. Objetivo: Analisar os agentes infecciosos encontrados nas biópsias gastrointestinais. Metodologia: Estudo do tipo epidemiológico, retrospectivo, transversal, de abordagem quantitativa de informações de biópsias do trato gastrointestinal e exames histopatológicos com dados clínicos de pacientes, existentes em bancos de dados do laboratório de patologia do hospital referência em infectologia do Amazonas. Resultados: Foram analisadas informações de 492 lâminas de biópsias de pacientes portadores de HIV, onde 69.9% destas eram de pacientes do gênero masculino e a maioria (83,9%) dos pacientes tinham também diagnóstico de gastrite como doença associada. Grande parte destas amostras (77.3%) tinham as bactérias como o principal agente etiológico, seguida de fungos (32,4%), vírus (4,9%) e parasitas (0,9%). As espécies mais frequentes foram o Helicobacter pylori (75%), Candida sp (15,7%), Histoplasma capsulatum (7,4%), Citomegalovírus (2,5) e Herpevírus (2,5%). A região anatômica onde estes microrganismos foram encontrados com maior frequência foi o estômago (80.69%) e esôfago (12,6%). Quanto aos sintomas clínicos, 34.5% tiveram diarreia como principal sintoma. Conclusão: O exame histopatológico é de suma importância para o diagnóstico das infecções do trato gastrointestinal.