Gene-expression profiles to predict distant metastasis of lymph-node-negative primary breast cancer

Wang, Yixin; Klijn, Jan G.M.; Zhang, Yi; Sieuwerts, Anieta M.; Look, Maxime P.; Yang, Fei; Talantov, Dmitri; Timmermans, Mieke; Gelder, Marion E. Meijer–van; Yu, Jack X.; Jatkoe, Tim; Berns, Els M.J.J.; Atkins, David; Foekens, John A.

doi:10.1016/s0140-6736(05)17947-1

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“…By looking at data reported for bladder cancer (Dyrskjot et al, 2003), breast cancer (van't Veer et al, 2002Wang et al, 2005) and squamous cell carcinoma of the oral cavity (O'Donnell et al, 2005) repair or replication pathways obtained significant P-values using SBIME analysis to compare primary tumors from patients who will develop metastases with those patients who will not develop metastases ( Table 2). Analysis of these independent data allows us to conclude that overexpressions of DNA repair genes, and consequently, metastatic progression are not specific for melanoma but appears to reflect a general phenomenon in at least three other types of tumors.…”

Section: Dna Repair and Melanoma Metastasismentioning

confidence: 99%

High expression of DNA repair pathways is associated with metastasis in melanoma patients

et al. 2007

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We have identified a gene-profile signature for human primary malignant melanoma associated with metastasis to distant sites and poor prognosis. We analyse the differential gene expression by looking at whole biological pathways rather than individual genes. Among the most significant pathways associated with progression to metastasis, we found the DNA replication (P ¼ 10 À14 ) and the DNA repair pathways (P ¼ 10 À16 ). We concentrated our analysis on DNA repair and found that 48 genes of this category, among a list of 234 genes, are associated with metastatic progression. These genes belong essentially to the pathways allowing recovery of stalled replication forks due to spontaneous blockage or induced DNA lesions. Because almost all these differentially expressed repair genes were overexpressed in primary tumors with bad prognosis, we speculate that primary melanoma cells that will metastasize try to replicate in a fast and errorfree mode. In contrast to the progression from melanocytes to primary melanoma, genetic stability appears to be necessary for a melanoma cell to give rise to distant metastasis. This overexpression of repair genes explains nicely the extraordinary resistance of metastatic melanoma to chemo-and radio-therapy. Our results may open a new avenue for the discovery of drugs active on human metastatic melanoma.

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Section: Dna Repair and Melanoma Metastasismentioning

confidence: 99%

High expression of DNA repair pathways is associated with metastasis in melanoma patients

et al. 2007

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“…Some studies have shown that gene expression profiles are linked to ER status [3,4] and to clinical outcome [2,[5][6][7]. In metastatic breast cancer, a 44-gene expression signature was found to be associated with an objective response to tamoxifen [8].…”

Section: Introductionmentioning

confidence: 99%

Exploring the two-gene ratio in breast cancer—independent roles for HOXB13 and IL17BR in prediction of clinical outcome

Jerevall

Brommesson

Strand

et al. 2007

Breast Cancer Res Treat

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“…Cette signature a été validée sur une série unicentrique de 295 tumeurs [12], puis sur une série multicentrique de 307 tumeurs [13]. L'équipe de Rotterdam a identifié sur 286 tumeurs N - [11] une signature de 76 gènes (60 pour les tumeurs RE + , 16 pour les RE -), validée ensuite sur 136 tumeurs, puis sur une série multicentrique de 180 cas [14]. Comme l'étude précédente, elle a été récemment validée sur la série multicentrique européenne de 307 tumeurs [15].…”

Section: Taxonomie Moléculaire Pronostique : Approches Non Superviséesunclassified

“…Deux équipes hollandaises ont abordé la question du sur-traitement par chimiothérapie adjuvante des tumeurs localisées sans envahissement ganglionnaire (N -) [10,11]. Dans ces tumeurs, l'impact favo-SYNTHÈSE REVUES chez les patientes avec envahissement ganglionnaire (N + ) -et l'absence de facteurs prédictifs d'efficacité rendent nécessaire l'identification des patients pouvant bénéficier ou non d'un régime donné de chimiothérapie [16].…”

Section: Survie Sans Chimiothérapie Adjuvanteunclassified

Classification pronostique du cancer du sein et profils d’expression génique sur puces à ADN

et al. 2008

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Le cancer du sein est le cancer le plus fréquent et le plus meurtrier chez la femme en France. Les traitements systémiques (chimiothérapie, hormonothérapie, théra-pies moléculaires ciblées) censés éradiquer la maladie métastatique clinique ou infra-clinique, sont délivrés en fonction de facteurs pronostiques et prédictifs de la réponse thérapeutique. Malheureusement, ceux-ci rendent insuffisamment compte de l'hétérogénéité évolutive de la maladie, conduisant trop souvent à des traitements inadaptés. Cette inadaptation coïncidant avec la disponibilité croissante de nouvelles drogues anti-cancéreu-ses, il est crucial d'améliorer la classification pronostique pour affiner les indications thérapeutiques et améliorer la survie. Le développement de thérapies moléculaires ciblées comme le trastuzumab (Herceptine ® ), anticorps monoclonal ciblant ERBB2 surexprimé dans ~20 % des cancers du sein, est un autre enjeu majeur [48]. Face aux limites des approches classiques, les espoirs se sont tournés vers une caractérisation moléculaire globale, détaillée et objective de la maladie à l'aide des analyses à haut débit, notamment l'analyse du transcriptome sur puces à ADN [1]. Établis en parallèle pour plusieurs tumeurs, les portraits moléculaires transcriptionnels sont comparés à l'aide d'outils bio-informatiques puissants. On peut distinguer deux approches d'analyse des données qui se sont succédées dans le temps. L'approche « différentielle », la plus ancienne mais encore d'actualité, consiste à établir une liste de gènes diffé-rentiellement exprimés entre deux conditions. L'approche « profils d'expression » cherche à identifier une signature moléculaire multigénique dont l'expression combinée est caractéristique d'une classe pertinente d'échantillons (survie, réponse thérapeutique par exemple). Cette approche peut se faire de façon non supervisée ou supervisée. Les applications potentielles en cancérologie sont multiples [2]. Plusieurs publications suggèrent un impact pronostique dans le cancer du sein. Taxonomie moléculaire pronostique : approches non superviséesLes analyses non supervisées, clustering ou classification hiérarchique par exemple, définissent des classes > L'hétérogénéité histologique et clinique du cancer du sein, en partie responsable des échecs thérapeutiques, reflète sa nature moléculaire complexe et combinatoire jusqu'à présent mal documentée par les outils classiques de biologie. Une caractérisation moléculaire approfondie est indispensable. L'avènement des puces à ADN a permis de progresser dans ce sens. Une nouvelle classification moléculaire du cancer du sein a été définie, des signatures pronostiques ou prédicti-ves de la réponse thérapeutique ont été identifiées, dont certaines sont actuellement en phase ultime de validation dans des essais cliniques prospectifs. Nous présentons dans cet article les principaux résultats publiés et leurs applications cliniques potentielles. Nous discutons leurs limites actuelles et retombées futures dans la prise en charge thérapeutique des patientes. <

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Gene-expression profiles to predict distant metastasis of lymph-node-negative primary breast cancer

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High expression of DNA repair pathways is associated with metastasis in melanoma patients

High expression of DNA repair pathways is associated with metastasis in melanoma patients

Exploring the two-gene ratio in breast cancer—independent roles for HOXB13 and IL17BR in prediction of clinical outcome

Classification pronostique du cancer du sein et profils d’expression génique sur puces à ADN

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