Genetic analisys of cytochrome oxidase sub unit 1 gene fragment from Cirrhilabrus cf. ryukyuensis (Labridae) from Cenderawasih Bay and Raja Ampat

Abstract

Cirrhilabrus cf. ryukyuensis from Cenderawasih Bay and Raja Ampat have different colormorphs with Cirrhilabrus ryukyuensis. This study was conducted to determine the phylogenetic relationship, evolution and genetic diversity of Cirrhilabrus cf. ryukyuensis based on Cytochrome oxidase sub unit 1 (COI) gene. Mitochondrial DNA extracted by using chelex 10%. FISH-BCH and BCL primers were used to amplify COI gene fragment and sequencing. Data analysis conducted by using software Sequencher 4.1 and MEGA 5. COI genes from six samples of C. cf rykyuensis from Cenderawasih Bay and Raja Ampat have total 613 base pairs. The average compositions of nucleotides are T 32.8%, C 26.3%, A 23.2% and G 17.7%. There is six positions of polymorphism that caused by transition. Conversion of nucleotides to amino acid sequence resulted in 204 amino acid with the same sequence. The phylogenetic tree from six sample showed that all in one clade, but different clade from Cirrhilabrus cyanopleura from GenBankAbstrakCirrhilabrus cf. ryukyuensis asal Teluk Cenderawasih dan Raja Ampat secara morfologi memiliki perbedaan warna dengan Cirrhilabrus ryukyuensis. Penelitian ini bertujuan menentukan hubungan filogenetik, evolusi, dan keragaman genetik Cirrhilabrus cf. ryukyuensis berdasarkan gen Sitokrom Oksidase sub Unit I (COI). Genom DNA mitokondria diekstrak menggunakan larutan chelex 10%. Primer FISH-BCH dan BCL digunakan untuk mengamplifikasi fragmen Gen COI dan sekuensing. Analisis data dilakukan dengan menggunakan perangkat lunak Sequencher 4.1 dan MEGA 5. Gen COI dari enam sampel C. cf. rykyuensis asal Teluk Cenderawasih dan Raja Ampat, memiliki panjang basa men-capai 613 bp. Komposisi rata-rata nukleotida T 32,8%, C 26,3%, A 23,2% dan G 17,7%. Terdapat enam posisi poli-morfisme yang kesemuanya disebabkan oleh mutasi transition. Hasil penerjemahan nukleotida, diperoleh asam amino dengan panjang 204 asam amino dengan urutan yang sama. Pohon filogenetik menunjukkan keenam sampel berada dalam satu clade yang sama dan berbeda dari clade Cirrhilabrus cyanopleura data Gene Bank.

Genetic Identification of Anchovy from Cenderawasih Bay using DNA Barcoding Approach

“…Sebanyak 1 µL loading dye dicampur dengan 4 µL produk PCR dan dimasukkan dalam sumur gel. Mesin elektroforesis dijalankan selama 30 menit dengan menggunakan tegangan listrik 100 volt (Dailami et al, 2018). Selanjutnya gel direndam selama 20 menit dalam larutan etidium bromida, kemudian dibilas dan divisualisasikan dengan UV-Transluminator serta didokumentasikan dengan kamera digital.…”

“…Gel elektroforesis dari produk PCR fragmen gen COI ikan teri Ukuran pita DNA yang diperoleh memiliki ukuran yang sama dengan yang ditemukan pada ikan Cirhilabruss cf. ryukyuensis (Dailami et al, 2018), Rhincodon typus (Toha et al, 2020), bahkan pada kelompok gastropoda (Leatemia et al, 2018;Saleky et al, 2016). Hal ini menunjukkan bahwa daerah yang diamplifikasi untuk fragmen gen COI untuk analisis DNA barcoding memiliki posisi dan ukuran yang sama.…”

“…Beberapa penelitian terdahulu yang juga berhasil menggunakan fragmen gen COI untuk identifikasi spesies ikan diantaranya yaitu ikan genus Mystus (Pramono et al, 2017), ikan Cirrhilabruss cf. ryukyuensis (Dailami et al, 2018), hiu paus Rhincodon typus (Toha et al, 2020) dan ikan teri famili Engraulidae (Afrand et al, 2020).…”

DNA barcoding pada invertebrata laut

“…Isolasi DNA genom dari sampel lobster dan gurita dilakukan dengan menggunakan reagen Geneaid DNA Isolation Kit (tissue) dengan protokol standar seperti yang digunakan oleh Toha et al, (2020). Untuk ekstraksi DNA genom dari sampel teripang, chiton dan bulu babi dilakukan dengan menggunakan metode chelex 10% (Walsh et al, 2013) sesuai dengan metode yang dilakukan oleh Dailami et al, (2018). Isolat DNA yang diperoleh disimpan dalam freezer dan ekstrak DNA dalam larutan chelex disimpan dalam kulkas sampai digunakan untuk PCR.…”

“…Produk PCR yang diperoleh dimurnikan menggunakan Shrimp Alkaline Phosphotase (Amersham Biosciences Corporation, Arlington Heights, Illinois, USA) dan Exonuclease (Amersham) (SAP/EXO) seperti yang dilakukan oleh Dailami et al (2018). Sekuensing 2 arah (bidirectional) dilakukan dengan metode dideoksiterminasi sanger dengan menggunakan menggunakan Big Dye© terminator chemistry (Perkin Elmer) di Cornell University.…”