<p><em>Diaporthe </em>(telomorfo) - <em>Phomopsis </em>(anamorfo) (DP) constituye un grupo fúngico de amplia diversidad genética con más de 900 especies distribuidas en un amplio rango de hospedantes que incluye especies cultivadas y no cultivadas, forestales, frutales y malezas. Los aislamientos de DP<em> </em>son hemi-biótrofos y disponen de diferentes fuentes de inóculo primario, como el rastrojo y las semillas, para reiniciar sus ciclos de parasitismo-saprofitismo. Ellos colonizan los tejidos del hospedante desde los estadios tempranos del desarrollo y establecen relaciones nutricionales de endofitia y necrotrofia fúngica. La plasticidad del género <em>Phomopsis </em>ha favorecido su expansión a diferentes agro-ecosistemas y hospedantes constituyendo un importante riesgo epidemiológico. El objetivo fue validar la identidad y evaluar las relaciones biológicas de 12 aislamientos de <em>P.</em><em> longicolla </em>y<em> D. phaseolorum </em>var. <em>sojae </em>obtenidos en distintos agro-ambientes templados y subtropicales de Argentina, para analizar la variabilidad y estrategias de conservación de la bio-diversidad fúngica. Las cualidades <em>macro-morfológicas</em> (textura y color de colonias, forma y distribución de estromas, desarrollo, forma y distribución de cuerpos fructíferos), y los caracteres <em>micro-morfológicos</em> (tamaño y forma de conidios, ascos y ascosporas) permitieron identificar a tres nuevos aislamientos de <em>P. longicolla</em> incluidos en el complejo D/P. El análisis molecular complementario corrigió las limitaciones derivadas de la caracterización basada sólo en marcadores morfológicos y logró reubicar al aislamiento AFP.8413 de identidad dudosa, en el nodo correspondiente a <em>P. longicolla</em>. De esta manera, la caracterización molecular definió la identidad de los aislamientos y los ubicó en los 4 taxones del complejo DP: diez aislamientos fueron incluidos en <em>Plo</em> (AFP.Gpo 4.4, AFP.Gpo 3.5, AFP.Gpo 4.3, AFP.Gpo 3.4, AFP.CaA, AFP. CaB, AFP.B5L16, AFP.B4L17, AFP.227B2, AFP.8413), un aislamiento incluido en <em>Dps</em> (AFP.Qcol7), un aislamiento en <em>Dpc</em> (AFP.Dpc16) y dos aislamientos incluidos en <em>Dpm</em> (AFP.Dpm109 y AFP.Dpm112). La adecuada identificación de <em>P. longicolla</em> y el avance en el conocimiento de las relaciones biológicas (hibridaciones homo o heterotálicas) entre variedades de <em>D. phaseolorum</em> (<em>P. phaseoli</em>) y especies de <em>Diaporthe</em> - <em>Phomopsis </em>permiten comprender la plasticidad para colonizar un amplio rango de hospedantes, los mecanismos de variabilidad genética y la preservación de la diversidad fúngica.</p>