Genetic diversity and origin of cultivated potatoes based on plastid microsatellite polymorphism

Гавриленко, Т. А.; Antonova, Olga; Shuvalova, Anna R.; Крылова, Е. А.; Alpatyeva, Natalia V.; Spooner, David M.; Novikova, L. Yu.

doi:10.1007/s10722-013-9968-1

Cited by 71 publications

(65 citation statements)

References 47 publications

Supporting

Mentioning

Contrasting

Unclassified

Order By: Relevance

“…Материал для выделения ДНК был получен из двух источников: полевой коллекции ВИР и из учреждений-оригинаторов -Ленинградского НИИСХ «Белогорка» и ООО Селекционная фирма «ЛиГа». ДНК выделяли из листьев растений с использованием модифи-цированного нами метода СТАВ-экстракции (Gavrilenko et al, 2013). В случае необходимости очистку препаратов от полифенольных соединений проводили с помощью поливинилполипирролидона.…”

Section: материал и методы исследованияunclassified

Molecular Screening of Potato Varieties Bred in the Northwestern Zone of the Russian Federаtion

Гавриленко¹,

Klimenko²,

Antonova³

et al. 2018

Vestn. VOGiS

View full text Add to dashboard Cite

Increasing the resistance of varieties to diseases and pests is a priority in potato breeding. Many potato varieties created in the Leningrad Scientific Research Institute of Agriculture "Belogorka" are multi-species hybrids possessing complex resistance to the most spread pathogens in combination with a high plasticity, which determined their zoning in many regions of the Russian Federation. Potato varieties and hybrids created in different periods of time in this institute and in the Ltd Breeding company "LiGa" were included in marker-assisted selection with 22 markers of 14 R genes conferring extreme resistance to viruses PVY and PVX, resistance to cyst nematodes Globodera pallida (patotypes Pa2, Pa3) and G. rostochiensis (pathotype Ro1) and resistance to late blight. The data of molecular screening were compared with the results of the State Test of Varieties for Disease Resistance, as well as with other published sources. Markers of sterile and fertile cytoplasm types were also used in the study. Based on the results of molecular screening, varieties and hybrids with different combinations of markers of R genes conferring resistance to the most harmful pathogens (Ry sto , Ryf sto , Rx1, Rx2, Gro14, H1, Gpa2, R1, R3a, Rpiblb1, Rpisto1) were detected. Among them, genotypes with sterile D-, T-, W/gamma cytoplasmic types were selected. Analysis of their pollen fertility, crossability and pedigree data showed that breeders succeed in obtaining fertile forms with the D-and Задача повышения устойчивости сортов к болезням и вредителям является приоритетной для селекции картофеля. Многие сорта, созданные селекционерами северо-западной зоны Российской Федерации, являются многовидовыми гибридами, обладают ком-плексной устойчивостью к наиболее вредоносным патогенам в сочетании с высокой пластичностью, о чем свидетельствует их районирование в разных регионах нашей страны. В статье пред-ставлены результаты молекулярного скрининга сортов и гибридов, созданных в разные годы в ЛенНИИСХ «Белогорка» и в ООО Селек-ционная фирма «ЛиГа». Молекулярный скрининг проведен с ис-пользованием 22 маркеров 14 R-генов устойчивости к вирусам PVY и PVX, к цистообразующим нематодам -Globodera pallida (патотипы Pa2, Ра3) и G. rostochiensis (патотип Ro1) и к фитофторозу. Данные молекулярно-генетического анализа сопоставлялись с результа-тами Государственного испытания сортов на устойчивость к бо-лезням и с другими опубликованными источниками. В работе ис-пользованы также маркеры стерильных и фертильных типов цито-плазм. По результатам молекулярного скрининга выделены сорта и гибриды c разными сочетаниями маркеров R-генов (Ry sto , Ryf sto , Rx1, Rx2, Gro14, H1, Gpa2, R1, R3a, Rpiblb1, Rpisto1), обладающие D-, T-, W/gamma стерильными типами цитоплазм. Анализ фертиль-но сти пыльцы, результатов скрещиваний и данных родословных показал, что селекционерам удалось получить фертильные формы с D-и Т-типами цитоплазм, несущие генетический материал мекси-канских полиплоидных видов Solanum stoloniferum и S. demissum. Информация о наличии у гибридов и с...

show abstract

Section: материал и методы исследованияunclassified

Molecular Screening of Potato Varieties Bred in the Northwestern Zone of the Russian Federаtion

Гавриленко¹,

Klimenko²,

Antonova³

et al. 2018

Vestn. VOGiS

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

“…Cultivated potato (Solanum tuberosum) comprises a unique plant species (Gavrilenko et al, 2013;Hirsch et al, 2013;Uitdewilligen et al, 2013), consisting primarily of diverse diploid and tetraploid subspecies that can harbor introgressions from various wild populations (Hawkes, 1990;Spooner et al, 2007). Varieties and landraces are maintained as clones in vitro or by collection and planting of seed tubers, yielding significant potential for accumulating somatic mutations in the genome.…”

Section: Introductionmentioning

confidence: 99%

Genome Reduction Uncovers a Large Dispensable Genome and Adaptive Role for Copy Number Variation in Asexually Propagated Solanum tuberosum

et al. 2016

View full text Add to dashboard Cite

Clonally reproducing plants have the potential to bear a significantly greater mutational load than sexually reproducing species. To investigate this possibility, we examined the breadth of genome-wide structural variation in a panel of monoploid/ doubled monoploid clones generated from native populations of diploid potato (Solanum tuberosum), a highly heterozygous asexually propagated plant. As rare instances of purely homozygous clones, they provided an ideal set for determining the degree of structural variation tolerated by this species and deriving its minimal gene complement. Extensive copy number variation (CNV) was uncovered, impacting 219.8 Mb (30.2%) of the potato genome with nearly 30% of genes subject to at least partial duplication or deletion, revealing the highly heterogeneous nature of the potato genome. Dispensable genes (>7000) were associated with limited transcription and/or a recent evolutionary history, with lower deletion frequency observed in genes conserved across angiosperms. Association of CNV with plant adaptation was highlighted by enrichment in gene clusters encoding functions for environmental stress response, with gene duplication playing a part in species-specific expansions of stress-related gene families. This study revealed unique impacts of CNV in a species with asexual reproductive habits and how CNV may drive adaption through evolution of key stress pathways.

show abstract

“…-открывает микросателлитный анализ. В последнее время во многих ведущих странах Европы и США, а также в нашей стране широко используются методы микросателлитного анализа для исследования ге нетического разнообразия представителей рода Solanum на внутри и межвидовом уровне (Van den Berg et al, 2002;Ghislain et al, 2004;Spooner et al, 2005Spooner et al, , 2014Велишаева и др., 2006;Sukhotu, Hosaka, 2006;Gavrilenko et al, 2010Gavrilenko et al, , 2013и др. ).…”

Section: использование генетического разнообразия картофеля в совремеunclassified

Mobilization, conservation and study of cultivated and wild potato genetic resources

Kiru¹,

Рогозина²

2017

Vestn. VOGiS

View full text Add to dashboard Cite

Genetic diversity and origin of cultivated potatoes based on plastid microsatellite polymorphism

Cited by 71 publications

References 47 publications

Molecular Screening of Potato Varieties Bred in the Northwestern Zone of the Russian Federаtion

Molecular Screening of Potato Varieties Bred in the Northwestern Zone of the Russian Federаtion

Genome Reduction Uncovers a Large Dispensable Genome and Adaptive Role for Copy Number Variation in Asexually Propagated Solanum tuberosum

Mobilization, conservation and study of cultivated and wild potato genetic resources

Contact Info

Product

Resources

About