Genetic Diversity WithinColletotrichum acutatum sensuSimmonds

Abstract

Isolates of Colletotrichum acutatum from several hosts were characterized by various molecular methods in comparison with morphological identification. Species-specific primer analysis was reliable for grouping C. acutatum isolates to their designated species. Arbitrarily primed polymerase chain reaction and A+T-rich DNA analyses identified four subgroups within C. acutatum. Subgroup I contained U.S. isolates from almond, apple, peach, and pecan, subgroup II contained isolates from anemone, olive, and strawberry, subgroup III contained isolates from almond (Israel) and strawberry (Spain), and subgroup IV contained a single isolate from anemone (the Netherlands). Likewise, sequence analysis of the internal transcribed spacer (ITS) 2 region alone or the complete ITS (ITS 1-5.8S-ITS 2) region grouped the isolates into the same four subgroups. Percent similarity of the complete ITS region within each cluster ranged from 99.6 to 100.0, 99.8 to 100.0, and 98.6% among subgroups I, II, and III, respectively. DNA sequence analysis of the ITS 2 region alone or the entire ITS 1-2 region was more informative than that of the ITS 1 region, which could only group the isolates into two main clusters. The molecular methods employed for studying genetic variation in populations of C. acutatum determined that this species is diverse, indicating that isolates within populations of each subgroup are not host specific.

Caracterização morfocultural e molecular de isolados de Colletotrichum gloeosporioides patogênicos ao mamoeiro

“…PCR com primers taxon-específicos foi realizada de acordo com Freeman et al (2001). Os primers CgInt (5'GGCCTCCCGCCTCCGGGCGG3'), específico para C. gloeosporioides e CaInt2 (5'GGGGAAGCCTCTCGCGG3'), específico para C. acutatum, foram usados em combinação com o primer ITS 4 para amplificação da região ITS.…”

“…A variabilidade genética na população brasileira de Colletotrichum associados ao mamão, também explicaria porque somente o DNA de alguns isolados foi amplificado pelo primer CgInt, específico para C. gloeosporioides. Assim, os primers descritos por Freeman et al (2001), por sua baixa especificidade, tiveram utilidade apenas como um critério complementar para a caracterização de isolados do mamoeiro. A incongruência observada aqui entre os critérios morfológicos e a identificação molecular também foi observada por Afanador-Kafuri et al (2003) que encontraram isolados de maracujá, manga e "tamarillo" [Cyphomandra betacea (Cav.)…”

“…Já os produtos de PCR dos isolados 66 e UnB 1916 não foram clivados pela enzima RsaI e o mesmo foi observado com o isolado 68. Freeman et al (2001) mostraram a ocorrência de um único sítio de restrição de RsaI na região ITS de C. gloeosporioides, mas os isolados de C. acutatum foram divididos em dois sub-grupos: aqueles com um sítio, mas produzindo perfil de restrição diferente do de C. gloeosporioides e outro, sem o sítio de restrição. Neste estudo, a análise de ITS-RFLP com RsaI gerou um perfil…”

“…A comparação de seqüências da região ITS 1 do rDNA entre C. gloeosporioides e outras espécies do gênero levaram ao desenvolvimento de oligonucleotídeos (primers) taxon-específicos para a diferenciação entre C. gloeosporioides e C. acutatum por PCR (reação da polimerase em cadeia) (Mills et al, 1992). Esses primers têm sido utilizados para a confirmação da identidade de isolados patogênicos a diversas hospedeiras (Adaskaveg & Hartin, 1997;Freeman et al, 1998;Freeman et al, 2001;Peres et al, 2002;Afanador-Kafuri et. al., 2003).…”

Diversidade fenotípica e patogênica de Colletotrichum, agente causal da antracnose em mangueira, e identificação de espécie

“…Atualmente, técnicas biotecnológicas têm sido empregadas para auxiliar nos estudos taxonômicos de Colletotrichum spp. Estas incluem análises da seqüência de nucleotídeos da região espaçadora transcrita (ITS) do DNA ribossomal (rDNA), de genes da b-tubulina 2 (tub2) e histona 4 (his4), glutamina sintase (GS), genes introns gliceraldeído-3-fosfato desidrogenase (GPDH), DNA mitocondrial (mtDNA) e a utilização de marcadores como RAPDs, RFLPs e AFLPs (15,32 …”