Introdução: A obesidade é uma doença metabólica crônica com diversas complicações de alto risco cardiovascular. Variantes em genes das vias da leptina-melanocortina e insulina foram associados com a obesidade e suas complicações. No entanto, a relação de variantes nesses genes com alterações antropométricas e metabólicas foram pouco exploradas na população brasileira. Objetivo: Analisar a associação de variantes em MC3R, MC4R, IRS1 e IRS2 com obesidade e biomarcadores metabólicos e inflamatórios e adipocinas, em indivíduos brasileiros. Métodos: Neste estudo do tipo caso controle, foram selecionados 168 indivíduos obesos, 99 com sobrepeso e 89 controles (grupo controle) classificados de acordo com o índice de massa corporal (IMC). Dados clínicos, antropométricos e composição corporal foram obtidos e os perfis metabólico, inflamatório e de adipocinas foram analisados. As variantes MC3R rs3746619 (c.-95C>A) e rs3827103 (c.130G>A), MC4R rs17782313 (g.57851097 T>C), IRS1 rs2943634 (g.226203364 A˃C) e IRS2 rs1865434 (g.109756261 C>T) foram analisadas por PCR em tempo real. Resultados: Os valores de parâmetros antropométricos e taxa de gordura corporal foram maiores nos grupos obeso e sobrepeso que no grupo controle (p<0,001). O grupo obeso apresentou maior frequência de hipertensão (46,5%), diabete tipo 2 (24,7%), dislipidemia (65,3%) e uso de medicamentos (74,1%) e menor prática de atividade física (32,4%) que os demais grupos (p<0,05). O grupo obeso também apresentou concentrações maiores de leptina, resistina, fibrinogênio, PAI-1, IL-1β, IL-6, PCRus e TNFα e concentrações menores de receptor de leptina solúvel que os demais grupos (p<0,05). As frequências alélicas das variantes genéticas deste estudo foram similares às da população geral (p>0,05). O genótipo AA do MC3R rs3827103 (c.130G>A) foi associado com sobrepeso (p=0,044). O alelo A das variantes MC3R rs3746619 (c.-95C>A) e rs3827103 (c.130G>A) foi associado com maior valor de HbA1 e menor concentração de apolipoproteina AI, respectivamente (p<0,05). O alelo C do IRS2 rs1865434 (g.109756261 C>T) foi associado com menor concentração de leptina (em homens) e de resistina (p<0,05). O alelo A do IRS1 rs2943634 A˃C e o genótipo CC do MC4R rs17782313 T˃C foram associados com maiores concentrações de fibrinogênio e PCRus (p<0,05). Esses resultados foram confirmados pela análise de regressão linear univariada. A análise de regressão logística univariada revelou associação da variante IRS1 A>C com maior risco de PCRus aumentado (OR=2,187; IC95%=1,237-3,866; p=0,007). Conclusões: As variantes MC3R rs3746619 e rs3827103, MC4R rs17782313, IRS1 rs2943634 e IRS2 rs1865434 parecem influenciar os perfis metabólico, inflamatório e de adipocinas, podendo ser biomarcadores úteis para avaliar o risco de alterações metabólicas e inflamatórias relacionadas com obesidade.