Obwohl die Hauptwirkungen traditioneller Präparate größtenteils seit langem bekannt sind, sind die molekularen Hintergründe der Aktivitätsmechanismen häufig nicht im Detail erforscht. Die pharmakorelevanten Aktivitäten botanischer Therapeutika resultieren oft aus der additiven oder synergistischen Wirkung einer Vielzahl von Inhaltsstoffen. Unterschiedliche Studien wurden publiziert, in denen die Effekte solcher Mehrkomponentengemische an ausgewählten In-vitro-Zellmodellen mittels Genexpressionsanalyse untersucht wurden. Hier erwähnte Beispiele umfassen Transkriptionsanalysen mit Extrakten aus Ginkgo biloba und Echinacea sowie der Tibetischen Rezeptur Padma 28. Transkriptionsprofile können verwendet werden, um Moleküle und Signalwege herauszufiltern, die durch eine bestimmte Behandlung beeinflusst sind. Differenziell exprimierte Gensets können mit Informationen aus Interaktionsdatenbanken integriert werden, um Einsichten in betroffene biologische Prozesse zu erhalten. Die Methode der Transkriptionsanalyse mittels Mikroarray-Technologie ist in unterschiedlichen Bereichen der Naturstoff-Forschung anzutreffen, wobei die Einsatzgebiete von der Wirkmusterbeschreibung bis hin zum Toxizitätsprofiling reichen.