Genotipificación de aislamientos del complejo Mycobacterium tuberculosis mediante MIRU-VNTR, Cali, Colombia, 2013-2015

Abstract

Introducción. La tuberculosis continúa siendo uno de los problemas de salud más importantes a nivel mundial y, con la infección por el virus de la inmunodeficiencia humana (HIV), constituye la principal causa de muerte por infecciones. En el 2016, se notificaron 6,3 millones de casos nuevos de la enfermedad.Objetivo. Describir los patrones genéticos determinados mediante la genotipificación del número variable de repeticiones en tándem de unidades repetitivas interespaciadas de micobacterias (Mycobacterial Interspersed Repetitive Units - Variable Number of Tandem Repeats, MIRU-VNTR) en la población de estudio y compararlos con los hallados en otros estudios locales e internacionales.Materiales y métodos. Mediante MIRU-VNTR, entre el 2013 y el 2015 se hizo la genotipificación de 105 muestras de ADN extraídas del esputo o de aislamientos en cultivo de M. tuberculosis provenientes de pacientes residentes en Cali con diagnóstico de tuberculosis pulmonar. La amplificación de 24 loci MIRU-VNTR se hizo por medio de la reacción en cadena de la polimerasa (PCR). Los amplicones resultantes se visualizaron por electroforesis en geles de agarosa (2 %) teñidos con SYBR Safe™. La asignación de los alelos se hizo con un análisis gráfico con el programa GelAnalyzer 2010. Los resultados obtenidos se analizaron con el algoritmo UPGMA y se compararon con las bases de datos internacionales MIRU-VNTRplus y SITVITWEB.Resultados. Se genotipificaron por completo 62 de las muestras y se obtuvieron 58 perfiles diferentes de MIRU-VNTR. Al comparar con las bases de datos internacionales, su distribución por linajes fue la siguiente: 54,8 % para el LAM, 25,8 % para el Haarlem, 14,5 % para el S, 3,2 % para el Beijing y 1,6 % para el Cameroon. Los patrones MIRU-VNTR correspondieron a 20 tipos internacionales de MIRU (MIRU International Types, MIT) diferentes, y los más frecuentes fueron el MIT 190 y el MIT 110, con 22,6 y 6,5 %, respectivamente.Conclusión. Estos resultados confirmaron hallazgos previos sobre el predominio de los linajes LAM y Haarlem en la ciudad y la presencia de los MIT encontrados en otra ciudad de Colombia.

Population structure and genetic diversity of Mycobacterium tuberculosis in Ecuador

“…Moreover, 56 of the 171 LAM strains (33%) and 35 of the 118 Haarlem strains (30%) belonged to a CC, which may suggest no major differences in strain transmissibility. The biggest CC (comprising 22 LAM strains from Guayaquil) and another CC (comprising two S strains from Los Rios province) have been previously reported in Colombia 19,20 (supplementary Table 2). Only six clusters (strains with an identical MIRU-VNTR pattern) compromising 16 strains were found, representing 4,3% of the strains (cluster index 2.6%) and an indication of potentially direct transmission.…”

“…Regarding the distribution of the clonal complexes (CC), only in 3 out of 18 of the CC were absent in Quito (Pichincha province) or Guayaquil (Guayas province), probably because these cities are important migration centers 56 and migration plays an important role in the dissemination of sub-lineages. The largest CC comprised 22 LAM strains and some Colombian strains from Cali, Bogota, and Cauca 19,20 . The CC comprising 2 S sublineage www.nature.com/scientificreports www.nature.com/scientificreports/ strains from Los Rios province in Ecuador encompasses strains found in Colombia 19,20 .…”

“…The largest CC comprised 22 LAM strains and some Colombian strains from Cali, Bogota, and Cauca 19,20 . The CC comprising 2 S sublineage www.nature.com/scientificreports www.nature.com/scientificreports/ strains from Los Rios province in Ecuador encompasses strains found in Colombia 19,20 . We did not find any clustering with Peruvian clonal complexes 33,58 .…”

Distribution of Mycobacterium tuberculosis lineages in South America

“…The Beijing sublineage has a relatively low but persistent percentage in vulnerable populations such as the indigenous community and persons deprived of liberty (PPL). The sublineages with the lowest prevalence are MANU (0.2%), EAI (0.1%), Cameroon (0.05%), CAS (0.05%), H37Rv (0.05%), and West African (0.05%); sublineages belonging to lineages 3, 4 and 6 have increased the variability of MTB genotypes (Table 1) (García & Astudillo, 2019). The prevalence of unidentified strains is 7.4%, one of the lowest in the region, due to the use of molecular techniques such as spoligotyping, MIRU-VNTR (24 and 12 loci) and WGS for disease control (Beltrán-León et al, 2020;Castro et al, 2017;Cerezo et al, 2012;Cubillos-Ruiz et al, 2010;Guerra et al, 2019;D.…”

“…This bacterial infection is cataloged as a health problem in both the social and health fields, is associated with poor living conditions and causes the death of 1.3 million people worldwide per year, which is 300,000 more than the human immunodeficiency virus (HIV) (World Health Organization, 2020). The World Health Organization (WHO) has developed a global strategy to end the TB epidemic and has set targets to reduce TB deaths and incidence of the disease by 2035 by combining efforts to provide timely diagnosis and treatment and to promote research (García & Astudillo, 2019;PAHO, 2020).In 2018, in the American region, it was estimated that almost 50,000 people with TB were unaware of their disease (PAHO, 2018). This region has 2.9% of the global TB burden (10 million cases) and an incidence rate of 10 per 100,000 inhabitants (World Health Organization, 2020).…”