Genotypic prediction of resistant mutation in HIV-1 pol gene towards the antiretroviral drugs

Abstract

Mutation in HIV-1 pol gene confers the resistance to antiretroviral drugs. Three nucleotide sequences of HIV-1 pol gene products were selected and HIV BLAST was performed. Amino acid positions of 30 sequences were compared with HXB2 reference strain. Two sequences of protease show the major mutation with mutations sites of I54V and V82A and 8 sequences shown other mutations. One sequence of integrase with minor mutation of E157Q and 9 sequences with other mutations were inferred. This study is useful in making more accurate prediction of results with better combination Highly Active Antiretroviral Therapy (HAART) and important mutations.

El TARGA como factor determinante en el tamaño del reservorio y la diversidad de los genes accesorios y reguladores del provirus del VIH-1

“…Estimaciones del promedio de diversidad y distancia evolutiva sobre todos los pares de secuencias de pacientes con y sin tratamiento. Se realizó el cálculo de la diversidad promedio dentro, entre y de toda la población de las secuencias de los genes accesorios y reguladores del VIH (Masatoshi Nei y Kumar, 2000), así como el de la distancia, siguiendo el modelo de Kimura 2-parámetros, dentro del programa MEGA X (S. Kumar et al, 2018)…”

“…Estimaciones del promedio de diversidad de los genes accesorios y reguladores del VIH sobre los pares de secuencias de pacientes con y sin tratamiento. El cálculo de la diversidad promedio dentro de cada población, entre cada población y de toda la población de las secuencias de cada gen se calculó según (Masatoshi Nei y Kumar, 2000), dentro del programa MEGA X (S. Kumar et al, 2018).…”

“…Esta reducida diversidad observada en los provirus de pacientes con tratamiento se debe principalmente: i) al control de la infección viral por acción de los antirretrovirales, ii) a la falta de exposición a los factores de restricción celular, iii) a los mecanismos de mutagénesis de la RT, iv) a la acción de APOBEC y v) a los procesos de recombinación que se llevan a cabo exclusivamente en las etapas de su ciclo de replicación (Redmond P Smyth y col. , 2012), Además el único medio de propagación de las variantes virales es por medio de la expansión clonal (Simonetti y col. , 2016), en diferentes órganos y tejidos, conocidos como compartimentos (R. L.Miller y col. , 2019). En contraste, las secuencias de los provirus provenientes de pacientes sin tratamiento, presentan una gran diversidad genómica, debido a que están sometidas a todos los factores celulares y virales anteriormente descritos (de Azevedo y col. , 2017;Jung y col. , 2002; Meyerhans y col. , 2003).Página16Justificación Actualmente la gran mayoría de los estudios sobre la diversidad genómica del VIH se han enfocado en tres proteínas virales codificadas por el gen pol: proteasa, reversotranscriptasa e integrasa que están involucradas directamente con la resistencia al TARGA (Fig.2 y 4) (A Kumar y Jadhav, 2011;Rojas Sanchez y Holguin, 2014)…”

“…el método MUSCLE (Multiple Sequence Comparation by Long-Expectation)(Edgar, 2004) y la reconstrucción de cada árbol filogenético se realizó en función del menor puntaje del análisis BIC (Bayesian Information Criterion) como lo recomienda el análisis Best Fit Substitution. Estos algoritmos informáticos se encuentran en el programa MEGA-X (S Kumar, Stecher, Li, Knyaz, & Tamura, 2018)…”