Geometria de proteínas no espaço conforme

Abstract

Terminar um trabalho como este definitivamente não é uma tarefa fácil, e como foi muito bem colocado por John Donne "Nenhum homem é uma ilha isolada; cada homem é uma partícula do continente, uma parte da terra". Este trabalho, assinado por mim, é também resultado da influência e do suporte de muitos, e a estes meus agradecimentos.Primeiramente gostaria de agradecer à minha família por todo o suporte e apoio. À minha mãe, Neusa, por não permitir que eu desistisse do que estava destinado a mim, ainda que eu mesmo não tivesse certeza. Ao meu irmão, Anderson, por todas as orações e torcida e pelo amor implícito que existe entre nós. Ao meu pai, Jair, pelas longas e cansativas viagens, pela disposição em ajudar com todas as atribulações que uma mudança para Campinas envolve. Ainda, a todos os familiares que estiveram torcendo por mim e que certamente compartilham da minha alegria neste momento.Agradeço a todos os meus amigos, pelo carinho e pela companhia que me proporcionaram durante essa jornada que costuma ser tão solitária, em especial à Carla, que, ainda que distante, esteve sempre ao meu lado durante esses quatro longos anos, obrigado por compartilhar cada momento de alegria e de sofrimento, é impossível para mim quantificar o valor da nossa amizade.Gostaria de agradecer também a todos os servidores e professores que tornam a UNICAMP a excelente universidade que ela é, em especial aos funcionários e professores do Instituto de Matemática, Estatística e Computação Científica que direta ou indiretamente colaboraram na minha formação.Agradeço aos Membros da banca de avaliação, Prof. José Mario Martínez, Prof. Nelson Maculan, Prof. Rafael Alves e Prof. Michael de Souza por suas generosas e valiosas contribuições, foi uma honra para mim ter o texto apreciado por vocês.Agradeço ao Prof. Emerson Castelani, por todo incentivo para que eu continuasse após o mestrado e pela firme recomendação para que eu fosse à UNICAMP, certamente foi uma escolha maravilhosa.Por fim, agradeço imensamente ao meu orientador, Professor Carlile Lavor, a quem tenho profunda admiração, pelo pesquisador e pela pessoa incrível que o senhor é. Muito obrigado por todos os conselhos, pela paciência e pela serenidade com que o senhor me conduziu por essa jornada. Foi um prazer e uma honra ter sido seu aluno.O presente trabalho foi realizado com apoio da Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior -Brasil (CAPES) -Código de Financiamento 001. ResumoA representação da estrutura de uma proteína é um elemento fundamental para seu estudo. Entre as diversas formas de representação destacam-se o uso de coordenadas internas e coordenadas cartesianas. Modelos para construção e atualização de coordenadas cartesianas, a partir do conjunto de coordenadas internas, têm sido fundamentais na dinâmica molecular. Os modelos apresentados são baseados na técnica pioneira, desenvolvida por Thompson em 1967, e consiste no uso de rotações e translações para posicionar pontos no espaço tridimensional. Diferentes variações deste modelo são abordadas, como ...