As Instituições de Educação Superior (IES), em especial as Universidades, são fundamentais para alavancar a prosperidade. Cumprem papéis importantes na promoção do homem, na interação deste em sociedade e no ambiente. Suas missões definem o que fazem, constituídose de desafios. Os resultados demonstram sua competência em responder aos desafios. Este trabalho objetivou subsidiar e estimular o debate sobre os desafios das Universidades sediadas no Estado de Santa Catarina (SC). Para identificar os desafios assumidos por treze Universidades de SC efetuou-se a análise de suas missões, disponíveis nos textos eletrônicos mantidos pelas instituições, acessadas entre 10-30 de outubro de 2011. Os resultados mostram que o principal desafio de todas as IES é contribuir com o desenvolvimento regional (divergindo em tipos). Outros desafios encarados por algumas universidades são compromissos com: o conhecimento (produção até a aplicação), a formação (cidadã até a especializada), a educação (vários enfoques), a melhoria da qualidade de vida e ambiental, o envolvimento comunitário, estímulo ao empreendedorismo. Entre os vários desafios assumidos por cada universidade apenas um é comum a todos os demais são opções de menos de 2/3 das IES. O eixo comum é a busca do desenvolvimento e os demais eixos são opções sob efeito do contexto temporal e sócio-ambiental regional.