Glanidium botocudo é endêmica do Brasil e conhecida das drenagens dos rios Piranga, Santo Antônio, Corrente Grande e calha principal, na bacia do rio Doce e uma localidade no rio Mucuri, no estado de Minas Gerais. A localidade-tipo, na bacia do rio Mucuri, se situa na divisa dos estados da Bahia e Minas Gerais, à jusante da Cachoeira de Santa Clara, tendo sido registrada previamente à construção da UHE homônima. Não são conhecidas ameaças que indiquem risco de extinção para a população da espécie. Por isso, G. botocudo foi categorizada Menos Preocupante (LC).