Root rot, caused by Fusarium avenaceum (teleomorph: Gibberella avenacea), is an important disease of lupin (Lupinus angustifolius) and other crops in western Canada. Fusarium isolates collected from infected roots of lupin in central Alberta were characterized using two RAPD primers, three microsatellite-primed PCR markers, diagnostic primers for putative mating type, sequence comparison of the translation elongation factor 1α (EF1α) and internal transcribed spacer (ITS) region, and assessments of aggressiveness on lupin seedlings. The teleomorph phase of F. avenaceum has been reported only twice in the world, but both mating types were found throughout the province. Isolates of mating type 2 were slightly more aggressive than mating type 1 on five lupin cultivars. All 42 isolates of F. avenaceum assessed in this study had a unique multilocus genotype, which indicates a high level of genotypic diversity in the pathogen population. Cluster analysis did not reveal an association between the geographic location of the isolates and genetic relatedness based on genetic markers. Instead, the F. avenaceum isolates divided into two distinct groups, with isolates from both groups occurring together at many sites. Phylogenetic analysis also revealed high diversity and the presence of some European-like isolates within the Canadian pathogen population. The high genotypic diversity of isolates and the presence of both mating types across sites provide an indication that sexual reproduction may occur within populations of F. avenaceum in Alberta.Résumé: Le pourridié, causé par Fusarium avenaceum (téléomorphe de Gibberella avenacea), est une maladie grave du lupin et d'autres cultures dans l'Ouest canadien. Des isolats de Fusarium, collectés sur des racines infectées de lupin provenant du centre de l'Alberta, ont été caractérisés à l'aide de deux amorces RAPD, de trois marqueurs microsatellites amplifiés par PCR, d'amorces de diagnostic pour type sexuel présumé, de la comparaison de la séquence du facteur d'élongation 1α (EF1α) de la traduction ainsi que de l'espaceur intergénique transcrit (ITS), et des évaluations de l'agressivité à l'égard des semis de lupin. La phase téléomorphe de F. avenaceum a été documentée deux fois seulement à l'échelle de la planète, mais les deux types sexuels ont été décelés partout dans la province. Les isolats du type sexuel 2 étaient légèrement plus agressifs à l'égard de cinq cultivars de lupin que ceux du type 1. Les 42 isolats de F. avenaceum, évalués dans le cours de cette étude, possédaient un génotype multilocus unique, ce qui indique un haut degré de diversité génétique dans la population des agents pathogènes. L'analyse typologique n'a pas révélé de lien entre la localisation géographique des isolats et la parenté génétique basée sur les marqueurs génétiques. Les isolats de F. avenaceum se divisent plutôt en deux groupes distincts dont les isolats coexistent sur plusieurs sites. L'analyse phylogénétique a également révélé un degré élevé de diversité ainsi que des isolats de type europée...